Семестры

Семейство белков:
IS200 похожие транпозазы.

Информация о белковом семействе.

В таблице 1 указаны основные сведения о выбранном белковом семействе. Данное семейство белков является семейством транпозаз IS200 - ферментов, катализирующих перенос вставочных последовательностей (insertion sequence) и транспозонов по ДНК.

Таблица 1.Информация о семействе белков в базе данных Pfam.
Информация
AC pfam PF01797
ID pfam Y1_Tnp
#SEED 77
#All 10539
#SW 4
#architectures 282
#3D 16
Taxonomy
#eukaryota 0
#archaea 2073
#bacteria 51847
#viruses 68

Выравнивание последовательностей.

Проект JalView

Из базы данных Pfam были скачаны и загружены в JalView выровненные последовательности для выбранного семейства белков. Информация о найденных блоках представлена в таблице 2.

Таблица 2. Блоки в выравнивании последовательностей.
Информация Комментарии
Выравнивание seed 77 последовательностей
Максимальный достоверный блок,
включающий ВСЕ последовательности.
(МДБ-all)
Колонки 67-72 В JalView: max_d_block
100% консервативные колонки в
МДБ-all
Колонка 67 [HY] - функционально Колонки найдены при помощи окрашивания
выравнивания Clustal и заданной идентичности
в 100 процентов. Есть только колонка с
функциальной идентичностью 100%.
Кроме этого колонки 68[IVWCM], 69[H],
70[LIVMF], 71[LIVMFC], 72[ALIVF] - почти 100%
функционально идентичны.
Максимальный достоверный блок,
включающий НЕ ВСЕ последовательности.
(МДБ-notAll)
70 последовательностей;
Колонки 66-91
В JalView: not_all_max_block
100% консервативные колонки в
МДБ-notAll
Колонка 67[D], а также функционально
колонки: 67[HY]; 68[IVWCM]; 84[ALIVM]; 91[TS]
Кроме вышеописанных, есть несколько
консерватинвных функционально
(не 100%, но близко): 67; 70-72; 83-84; 88.
Участок выравнивания, в котором
нет никаких достоверных подблоков, и
потому маловероятно, что выравнивание
на этом участке отражает ход эволюции.
Колонки 27-29 В JalView: non_evolution

Карта локального сходства двух белков.

В таблице 3 указаны названия белков с доменами вышеуказанного семейства. На рисунке 1 изображена карта локального сходства (dotplot) двух последовательностей этих белков.
Координаты общего домена (PF01797):

  • Q749H2_GEOSL: 1-166
  • A0A1F3K7B4_9BACT: 589-736

Таблица 3. Белки и их доменные архитектуры.
Информация
Доменная архитектура 1 PF01797 - PF08299
Белок с архитектурой 1 Q749H2_GEOSL
Доменная архитектура 2 PF20465 - PF07669 - PF01797 - PF07669 - PF12950
Белок с архитектурой 2 A0A1F3K7B4_9BACT
Рис. 1. Карта локального сходства двух последовательностей.

Как мы можем заметить из рисунка 1, в локальном выравнивании последовательностей присутствуют два инделя: длиной 1 гэп и длиной 10 гэпов.
Так как в последовательности был только один общий домен, то в карте локального сходства мы не видим каких-либо других участков последовательности.