UniProt: киназа А стрессового ответа

Выбор белка.

При помощи расширенного поиска UniProt, было найдено 4752 последовательности белков. Несложно заметить, что полно аннотирована лишь малая часть из них: 5 - имеет лишь один белок, 4 - имеет 19 белков, 3 - 342 белка, 2 - 828 белка, 1 - 3562 белка. Запрос поиска последовательностей белков, принадлежащих бактерии Paracidovorax citrulli:

(taxonomy_id:80869)

Я решил выбрать наиболее полно аннотированный белок: киназа А стрессового ответа (англ.: stress response kinase A; AC: A1TV27).

Информация о белке.

Согласно данным об этой киназе, она имеет длину 342 аминокислотных остатка. Данная киназа катализирует реакцию фосфорилирования белков по остаткам серина и треонина при участии АТФ. Согласно данным, вероятно киназа А участвует в подавлении стресс-эффекта, возникшего из-за наличия активных форм кислорода (АФК). Также, вероятно она участвует во внеплазматическом ответе на стресс.

EC: 2.7.11.1

Поисковые запросы.

1. Поиск белков, схожих по функции:
Запрос: (taxonomy_id:12916) AND (ec:2.7.11.1)
Целью такого запроса было обнаружение в роде Acidovorax (taxonomy_id:12916) ферментов с таким же номером EC, то есть с аналогичной функцией.
Итог: 183 различных последовательности (Swis-prot 0).

2. Поиск более достоверно-анотированных белков со структурой:
Как мы увидели, в результате предыдущего поиска мы не нашли ни одной последовательности из базы данных Swis-prot. Не будем останавливаться только на этом, а еще усложним задачу: наш белок должен быть 1) из базы данных Swis-prot и 2) иметь структуру в PDB. Для этого сформируем следующий запрос:

database:pdb AND reviewed:true AND (ec:2.7.11.1) AND (taxonomy_id:1224)

Минимальная клада, на которой нашлись белки по запросу - Pseudomonadota (taxonomy_id:1224).
Итог: 4 белка Swis-prot со структурой в PDB.

3. Кофактор Mg: Из данных о киназе А несложно найти, что Mg2+ является ее кофактором. Следующий поисковый запрос позволит нам найти все белки с кофактором Mg2+ среди белков бактерии Paracidovorax citrulli:

(taxonomy_id:80869) AND cofactor\:"Mg"

Итог: Всего 138 последовательностей белков, из них 32 в базе данных Swiss-Prot.