Белки антифризы растений.
Для анализа был выбран белок антифризы Daucus carota (AFP protein, GenBank: APZ89677.1).
Антифризы - это белки, позволяющие растениям переживать отрицательные температуры путем
препятствования образования кристаллов воды в клетках.
Как известно, антифриз моркови является гомологичным белку ингибитору
полигалактуроназы (polygalacturonase inhibitor). Это, в свою очередь, белок,
являющиеся частью защиты
растения от паразитических грибов. Попробуем убедиться в их родственности.
Для поиска дальних родственников мы будем использоваться psiblast по кладе растений.
Результаты поиска приведены в таблице 1.
| Итерация | E-value выше порога | E-value ниже порога |
|---|---|---|
| 0 итерация | 306 | 13 |
| 1 итерация | 461 | 7 |
| 2 итерация | 495 | 15 |
| 3 итерация | 514 | 23 |
| 4 итерация | 538 | 23 |
| 5 итерация | 573 | 28 |
| 6 итерация | 608 | 22 |
PGIP (Polygalacturonase inhibitor protein) нашлись сразу после запуска, то есть для обнаружения предка было достаточно алгоритма blastp. Дальнейшие итерации привели к тому, что нашлось огромное множество белков, причем весьма вероятно, что эти белки не являются гомологами с изначальным белком антифриза моркови.
Такое поведение psiblast'а связано с тем, что из-за наличиия домена богатого лейцином (Leucine-rich repeat-containing N-terminal plant-type) программа начинает находить множество новых белков с этим же доменом (Leucine-rich repeat protein).
На рисунках 1-4 изображены выравнивания четырех лучших находок PGIP.
