Дерево Chondrichthyes
(Хрящевые рыбы).

Таксономическое дерево класса Chondrichthyes(Хрящевые рыбы).

На рисунке 1 изображено таксономическое дерево класса хрящевые рыбы.

**Рис. 1.** Таксономическое дерево класса *Chondrichthyes*.

Построение деревьев класса Chondrichthyes(Хрящевые рыбы) на основе последовательной белка цитохрома B.

Для начала было получено выравнивание 12 последовательностей белка цитохром B из базы данных SwissProt для класса Chondrichthyes.
Все 3 следующих дерева укорены по кладе (HEMLA,UROPO) - Скаты.
Построенные по аминокислотным последовательностям белка цитохрома B деревья изображеные на рисунках 2,3,4.

Дерево FastME с метрикой p-distance.

**Рис. 2.** Дерево, построенное методом минимальной эволюции с помощью программы FastME. Эволюционное расстояние - p-distance.

Дерево FastME с помощью модели mTREV.

**Рис. 3.** Дерево, построенное методом минимальной эволюции с помощью программы FastME. Матрица эволюционных расстояний - MtREV (замена ак, с учетом специфики митохондрий).

Дерево IQTree

**Рис. 4.** Дерево построено методом максимального правдоподобия в программе IQ-TREE.

При сравнении полученных деревьев нетрудно заметить, что они почти топологически идентичны: отличие можно заметить в кладе (CARCH, ISUPA, ISUOX) - подсемейство Lamninae (сельдевые акулы). По таксономии (ISUPA, ISUOX) образуют род Isurus (акулы-мако), а CARCH (Carcharodon carcharias, Белая акула) стоит отдельно. Такую же топологию мы видим только на рисунке 1 (Fastme с p-distance).
Также мы видим, что (HEMLA,UROPO) - Скаты (семейство Batoidea), находятся сильно ближе друг к другу, чем к каким-либо акулам. Мы точно знаем, что скаты выделились в отдельную группу внутри Хрящевых рыб около 180 млн лет назад. Поэтому я использовал скатов для укоренения деревьев.
Кроме этого у всех трех деревьев есть более важное отличие от дерева, построенного по таксономии: по таксономии SQUAC (Squalus acanthias, Обыкновенный катран) отделяется от надотряда Galeomorphii и принадлежит надотряду Squalomorphii. Однако при реконструкции дерьвьев по последовательности цитохрома B катран попадает внутрь Galeomorphii, причем даже "глубже", чем упоминаемое ранее подсемейство сельдевых акуд, как бы приближаясь к отряду Carcharhiniformes (кархаринообразные акулы).