Практикум 7
ВЫБОР БЕЛКА
Мой мини-обзор был про Coxiella burnetii RSA 493. Выбор белка проводился в базе данных UniProtKB по запросу: (organism_name:"Coxiella burnetii") AND (strain:"RSA 493") AND (existence:1). Выдало 94 результата. Среди них я посмотрела наиболее аннотированные (в расширенном поиске Annotation score, уровень аннотации 5), таких белков было 2. Среди них мне больше всего понравился белок Outer membrane protein P1, который отвечает за образования пор в липидных бислоях. Я выбрала этот белок, так как мне показалось интересным, что он считается перспективным кандидатом на вакцину против Q-лихорадки. Белок должен быть хорошо изучен по этой причине.
ИНФОРМАЦИЯ О БЕЛКЕ
Outer membrane protein P1 (белок внешней мембраны P1)
"Обнаружение антител, анализ пролиферации Т-клеток и определение цитокинов продемонстрировали, что животные, иммунизированные P1-HspB или WCA, демонстрировали более сильные гуморальные и клеточные иммунные реакции по сравнению с животными, иммунизированными P1 или HspB по отдельности. Данные исследования показали, что слитый антиген P1-HspB является хорошим иммуногеном для получения иммунореактивных реакций против C. burnetii, и он может быть более подходящим кандидатом для приготовления субъединичной вакцины против лихорадки Q."
Взято из статьи:
"Protective immunity against Q fever induced with a recombinant P1 antigen fused with HspB of Coxiella burnetii"
Qingfeng Li 1, Dongsheng Niu, Bohai Wen, Meiling Chen, Ling Qiu, Jingbo Zhang
КЛАСТЕРЫ ПОХОЖИХ БЕЛКОВ:
Самый большой по размеру кластер UniRef50
ПОИСКОВЫЕ ЗАПРОСЫ:
По запросу (protein_name:"Outer membrane protein P1") я хотела посмотреть распространен ли этот белок среди организмов. Показало 423 результата, не очень большая цифра, но позволило сделать вывод, что этот белок не является отличительной «чертой» бактерии
По запросу (protein_name:"Outer membrane protein P1") AND (structure_3d:true) выяснено что у этого белка не получали 3D структуру
По запросу (protein_name:"Outer membrane protein P1") AND (taxonomy_id:118968) NOT (organism_name:"Coxiella burnetii (strain RSA 493 / Nine Mile phase I) ") хотелось посмотреть распространенность этого белка у семейства Coxiellaceae, исключая мою бактерию. Единственным результатом был Candidatus Berkiella cookevillensis. Из чего следует вывод, что не так много организмов этого семейства имеют данный белок (либо не все были получены).