Выравнивание последовательностей

Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Таблица №1 Глобальное вырвнивание
Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
Acylphosphatase ACYP_ECOLI ACYP_BACSU 141.5 32.4% 45.4% 33 3
Citrate synthase(/synthase 1) CISY_ECOLI CISY_BACSU 489.0 28.4% 47.6% 65 12
Dihydrofolate reductase DYR_ECOLI DYR_BACSU 359.0 41.7% 60.7% 9 2

Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Таблица №2 Локальное вырвнивание
Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
Acylphosphatase ACYP_ECOLI ACYP_BACSU 150.0 42.9% 59.7% 5 1 88.04% 92.31%
Citrate synthase(/synthase 1) CISY_ECOLI CISY_BACSU 497.0 31.7% 52.9% 30 10 97.19% 97.81%
Dihydrofolate reductase DYR_ECOLI DYR_BACSU 359.0 43.8% 63.8% 1 1 100% 95.24%

Программы выравнивания неродственных белков

Таблица №3 Смешанное вырвнивание
Выравнивание ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
Needle BLC_ECOLI SBOA_BACSU 14.0 1.4% 2.9% 196 2
Water BLC_ECOLI SBOA_BACSU 22.5 33.3% 38.1% 10 1

Данное выравнивание показывает, что анализируемые белковые последовательности не являются гомологичными. Об этом свидетельствуют следующие факторы:

Таким образом, данные результаты свидетельствуют, что исследуемые белки не являются гомологичными.

Множественное выравнивание

Для выполнения этого пункта практикума я искала все белки, которые имеют мнемонику "ACYP". Полное имя: "Acylphosphatase". Таких нашлось 248 штук. Далее я случайным образом отобрала ACYP_MOOTA, ACYP_GRABC, ACYP_PASMU, ACYP_LISMF, ACYP_STAAR

(команды: "infoseq 'sw:ACYP_*' -only -name -nohead -out protein.txt" , "wc -l protein.txt")

Далее в программе Jalview я провела выравнивание методом "Muscle with Defaults" и окрасила методом "by Percentage Identity".

Alignment
    Рис. 1. Множественное выравнивание

Белки являются гомологичными, если судить по результатам выравнивания, так как имеют большие консервативные участки: 14-21, а также менее консервативные: 41-42, 44-45. Ссылка на проект