Герб ФББ
  • Главное
  • Семестры
  • Обо мне
  • Официальный сайт ФББ МГУ

    Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

    Задание №1

    С помощью программы fiber пакета 3DNA я сгенерировала модели A-, B- и Z-формы ДНК. В результате получились следующие файлы: А-форма (ссылка на файл), B-форма (ссылка на файл), Z-форма (ссылка на файл)

    Задание №2

    Я решила работать с А-формой ДНК и, соответственно, выбрала PDB структуру, полученную экспериментальными данными, той же формы. В данном случае, это была 3v9d.

    На изображениях ниже представлен тимин, находящийся в составе ДНК (изображение получено с помощью Pymol) и он же нарисованный отдельно с помощью программы MarvinSketch. Атомы, смотрящие в сторону большой бороздки окрашены красным цветом, в сторону малой - в синий.

    Image 1
    Рис. 1. Тимин MarvinSketch
    Image 2
    Рис. 2. Тимин Pymol

    В сторону большой бороздки (окрашены красным) обращены: C4, O4, C5, C6, C7, N3.

    В сторону большой бороздки (окрашены синим) обращены: N1, C2, O2.

    Остальные атомы (N3) находятся точно на линии водородной связи в паре с тимин - аденин.

    Таблица с основными характеристиками форм ДНК:

    Основные спиральные характеристики форм ДНК

    A-форма

    B-форма

    Z-форма

    Тип спирали (правая или левая)

    Правая

    Правая

    Левая

    Шаг спирали (A)

    28,03

    33,75

    43,5

    Число оснований на виток

    11

    10

    12

    Ширина большой бороздки (A)

    17,0 (A/DT`11/P до /B/DG`33/P)

    17,9 (/B/DG`33/P - A/DG`5/P)

    18,3 (B/DC`38/P - A/DC`5/P)

    Ширина малой бороздки (A)

    9,6 (/B/DC`28/p до /A/DА`6/P)

    11,9 (A/DT`15/P - B/DA`30/P)

    9,2 (A/DG`15/P - B/DG`29/P)

    Задание №3

    В качестве необходимой для задания тРНК была выбрана Thermotoga maritima MSB8 3AKZ.

    Для выполнения данного задания были использованы следующие команды:

    1. wget "https://files.rcsb.org/download/3AKZ.pdb" -O "3AKZ.pdb" - скачать необходимый PDB-файл
    2. remediator --old ''3AKZ.pdb'' > ''3AKZ_old.pdb» - перевод файла в старый формат
    3. find_pair -t 3AKZ_old.pdb stdout | analyze - нужный нам анализ файла

    С помощью SFTP полученный файл был скачан на домашний компьютер, а затем для выполнения заданий использовался поиск по файлу.

    Рассмотрев раздел "RMSD of the bases" в файле 3AKZ_old.out, я получила необходимые значения для определения координат стеблей:

    Image 1
    Рис. 3. Координаты стеблей
    • Первый: 1-7 и 72-66
    • Второй: 49-53 и 65-61
    • Третий: 39-44 и 31-26
    • Четвертый: 10-13 и 25-22

    Неканонические пары: 54U...A58, 55U...G18, 36G...C32, 44U...G26, 13U...G22, 14A...U8, 15A...U48

    Стабилизирующие пары: 54U...A58, 55U...G18, 36G...C32