Предсказание вторичной структуры заданной тРНК и анализ НК-белкового комплекса

Задание №1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

Используя программу einverted из пакета EMBOSS, получилось найти инвертированные участки в нуклеотидных последовательностях, а также возможные комплементарные участки в последовательности исследуемой тРНК(1QRT).

Я использовала команду:

einverted -sequence rna.seq -gap 12 -threshold 10 -match 3 -mismatch -3 -outfile outfile -outseq seqout

Рис. 1. Выдача программы einverted из пакета EMBOSS для 1QTR.

Рис. 2. Cтруктура, предсказанная алгоритмом Зукера, для 1QTR.

**Таблица 1.** Сравнительная таблица предсказывания вторичной структуры тРНК
	Позиции в структуре (find_pair)	Результаты предсказания einverted	Результаты предсказания RNAfold
Акцепторный стебель	5' 2-7 3' 5' 66-71 3' (6 пар)	5' 1-7 3' 5' 71-65 3'	5' 1-7 3' 5' 66-72 3' (7 пар)
D-стебель	5' 10-12 3' 5' 23-25 3' (3 пары)	---	5' 10-12 3' 5' 22-24 3' (3 пары)
T-стебель	5' 49-53 3' 5' 61-65 3' (5 пар)	---	5' 49-53 3' 5' 61-65 3' (5 пары)
Антикодоновый стебель	5' 37-44 3' 5' 26-33 3' (8 пар)	---	5' 26-30 3' 5' 38-42 3' (5 пар)
Общее число канонических пар нуклеотидов	22	15	20

Задание №2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Упр. 1

Моя структура для этого задания - 1KSX. С помощью данного скрипта (script_1) я задала 3 множества: кислорода 2'-дезоксирибозы (set1), кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2), азота в азотистых основаниях (set3).

Далее при помощи второго скрипта (script_2) я получаю последовательное изображение всей структуры, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3

Упр. 2

**Таблица 2.** ДНК-белковые контакты в 1KSX
Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
Остатками 2'-дезоксирибозы	4	89	93
Остатками фосфорной кислоты	74	266	340
Остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	0	59	59
Остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	1	1

Можно заметить преобладающее количество неполярных взаимодействий. Взаимодействие с белком происходит за счет неполярных взаимодействий, в большинстве случаев со стороны большой бороздки.

Упр. 3

Используя программу nucplot, была получена схема ДНК-белковых контактов.

Рис. 3. Схема ДНК-белковых контактов

Упр. 4

Рис. 4. Phe162 и его контакты с ДНК.

Рис. 5. Phe167 и его контакты с ДНК.

Рис. 6. Окружение.

По моему мнению, наиболее выжным аминокислотным остатком для распознавания ДНК - Phe162(I). Поскольку только он взаимодействует с азотистым основанием. Но кроме Phe162, Phe167 тоже имеет достаточно много связей.