Нуклеотидные банки данных

Выбор сборки генома эукариотического организма

В качестве эукариотического организма я выбрала шимпанзе. Его латинское название – Pan troglodytes, а английское – chimpanzee. Я выбрала шимпанзе не только потому, что они являются ближайшими родственниками человека, но и потому что являются родственниками Бонобо (Pan paniscus). Бонобо очень интересны своим поведением и считаются менее развитыми, чем шимпанзе. Такое развитие привело к сохранению большинства детских черт. Поэтому весело наблюдать за ними. Но я посчитала, что шимпанзе будут более изученными, брать их геном выгоднее. Что касается генома, у шимпанзе 2n = 48 хромосом.

Сборка генома

Запрос: сборку генома я искала по запросу Pan troglodytes

Количество найденных сборок: 10

Выбранная сборка: NHGRI_mPanTro3-v2.0_pri

Уровень сборки: Chromosome. Это значит, что сборка содержит одну или более хромосом. Это может быть полностью секвенированная хромосома без гэпов или хромосома, содержащая скааффолды/контиги с гэпами между ними.

Сборка является референсной, то есть вручную отобранной сброкой высокого качества, которую NCBI индентифицировали в качестве стандарта при сравнении с другими.

* N50 — это длина самого короткого контига, для которого половина (50%) всех нуклеотидов сборки содержится в контигах такой и большей длины

* L50 — это число контигов (наименьшее), в которых содержится половина (50%) всех нуклеотидов сборки

BUSCO показало очень высокое качество сборки.

Скачивание необходимых файлов

Скачала следующие файлы:

• GCF_028858775.2_NHGRI_mPanTro3-v2.0_pri_protein.faa – последовательности белков в формате FASTA;
• GCF_028858775.2_NHGRI_mPanTro3-v2.0_pri_genomic.fna – нуклеотидные последовательности генома в формате FASTA;
• GCF_028858775.2_NHGRI_mPanTro3-v2.0_pri_genomic.gbff – последовательности генома с аннотацией