Практикум 10. Выравнивание геномов
Построение карты локального сходства для двух последовательностей
Для построения карты были выбраны следующие организмы:
Lactiplantibacillus paraplantarum (CP032744.1)
Lactiplantibacillus plantarum (CP030105.1)
Обе последовательности имеют хромосомный уровень сборки
Последовательности были найдены с помощью сервиса "Browse by Organism" на сайте NCBI
Стоит отметить, что виды из рода Lactiplantibacillus выравниваются довольно хорошо (те, которые имеют хромосомный уровень сборки и идентифткаторы нужных последовательностей). Для посторения карты локального сходства были выбраны виды, для которых выравнивания с помощью blastn и megablast наиболее сильно различаются.
Рис.1.Карта локального сходства (Dot plot) для двух организмов. Lactiplantibacillus paraplantarum (ось Х) и Lactiplantibacillus plantarum (ось Y) с использованием алгоритма megablast.
Рис.2.Карта локального сходства (Dot plot) для двух организмов. Lactiplantibacillus paraplantarum (ось Х) и Lactiplantibacillus plantarum (ось Y) с использованием алгоритма blstn.
Анализируя полученные данные, можно заметить, что обе последовательности выровнялись достаточно хорошо, отнако можно заметить, что на участках 950К-1100К и 1800К-1900К произошла делеция участка. Интересно, что на графике, полученном в результате работы алгоритма blastn на графике появляется много шума