1.В качестве исследуемого эукариотического организма мною была выбрана Tripanosoma brucei. Данный организм является возбудителем такого опасного заболевания, как сонная болезнь. Более того, этот объект подробно рассматривался в курсе зоологии беспозвоночных в первом семестре. Мне показалось интересным изучить его не только в лаборатории, но и с помощью компьютерных методов.
Число хромосом: 11
Число элементов в сборке:12
2.Поисковой запрос: "Trypanosoma brucei"
Результатои поиска стали 5 находок
3.Уровень сборки: хромосомный (в сборке содержится последовательность одной (или более) хромосом)
4.Выбрання сборка (идентификатор RefSeq:GCF_000002445.2) является референсной. Это означает, что данная сборка была проверена экспертами NCBI и отобрана в качестве наиболее достоверной.
| Идентификатор GenBank | Идентификатор RefSeq | Общий размер генома | N50 для контигов | L50 для контигов | N50 для скэффолдов | L50 для скэффолдов |
| GCA_000002445.1 | GCF_000002445.2 | 26.1 Mb | 1.7 Mb | 6 | 2.5 Mb | 4 |
N50- длина контига/скэффолда, для которого половина (50%) всех нуклеотидов сборки содержится в контигах такой и большей длины
L50- наименьшее число контигов/скэффолдов, в которых содержится половина (50%) всех нуклеотидов сборки