Для выполнения задания с поиском сигнала посадки σ-субъединицы РНК-полимеразы была выбрана бактерия Actinomyces oris (референсный геном).
аннотация
Далее с помощью сервиса Operon-mapper был получен список оперонов.Промотором считаkjcm 100 нуклеотидов перед
опероном. В качестве материала для обучения было выбрано 50 случайных генов
домашнего хозяйства.
Для негативного контроля использованы случайные последовательности генома длиной 100 нуклеотидов. последовательности генов домашнего хозяйства послкдовательности тестирования Программа запускалась с помощью следующей команды: В результате работы программы был получен файл. Найдено три мотива (указано в запросе). Находки изображены на рисунках 1,2,3.
Дальше решено было работать с находкой, у которой наименьшее E-value. Для поиска выбранного мотива в положительном и отрицательном контроле было установленно пороговое значение E-value = 0.0001. В позитивном контроле было найдено 1518 (из 2665), а в отрицательном
- 29 (из 226)Запуск MEME
meme housekeeping.fasta -dna -mod zoops -nmotifs 3 -minw 6 -maxw 50 -maxsites 50
Поиск сигнала в материале для тестирования с помощью FIMO