Практикум 7

Подготовка данных

Для выполнения задания с поиском сигнала посадки σ-субъединицы РНК-полимеразы была выбрана бактерия Actinomyces oris (референсный геном).

геном в формате fasta

аннотация

Далее с помощью сервиса Operon-mapper был получен список оперонов.Промотором считаkjcm 100 нуклеотидов перед опероном. В качестве материала для обучения было выбрано 50 случайных генов домашнего хозяйства. Для негативного контроля использованы случайные последовательности генома длиной 100 нуклеотидов.

последовательности генов домашнего хозяйства

негативный контроль

послкдовательности тестирования

Запуск MEME

Программа запускалась с помощью следующей команды:

meme housekeeping.fasta -dna -mod zoops -nmotifs 3 -minw 6 -maxw 50 -maxsites 50

В результате работы программы был получен файл. Найдено три мотива (указано в запросе). Находки изображены на рисунках 1,2,3. Дальше решено было работать с находкой, у которой наименьшее E-value.

**Рис. 1** Мотив №1 (E-value = 6.2e-015)

**Рис. 2** Мотив №2 (Е-value = 6.9e+000)

**Рис. 3** Мотив №3 (E-value = 2.7e+001)

Поиск сигнала в материале для тестирования с помощью FIMO

Для поиска выбранного мотива в положительном и отрицательном контроле было установленно пороговое значение E-value = 0.0001. В позитивном контроле было найдено 1518 (из 2665), а в отрицательном - 29 (из 226)