Практикум 7. А- и В-формы ДНК.

Задание №1 :

1. Программа fiber пакета 3DNA .Использованные команды

   fiber -a gatc-a.pdb

и

fiber -b gatc-b.pdb (+ ответы на поставленные командой вопросы)

В результате были построены A- (gatc-a.pdb) и B-формы (gatc-b.pdb) молееулы ДНК, последовательностью одной из нитей которого является 4 раза повторенная последовательность "gatc".
 

2. После изучения этих файлов была заполнена таблица

   	A-форма	B-форма	Файл dna4.pdb
   Тип спирали (правая или левая)	правая	правая	правая
   Шаг спирали (Å)	28,02	33,75	30,04
   Число оснований на виток	11	10	11
   Ширина большой бороздки	7,98	17,21	15.98
   Ширина малой бороздки	16,80	11,69	17.55

   
     Выводы - исследуемая ДНК (dna4.pdb) это А-форма

   Задание №2:

3. Был проведен анализ всех трёх структур ДНК с использованием программ find_pair и analyze. На выходе с конвейера этих двух программ( find_pair -t dna4.pdb stdout | analyze) был получен файл dna4.out. В этом файле содержится вся та информация, которую требовалось получить в 1 задании, а так же многое другое. В том числе, значения торсионных углов в молекуле. углы в А-форме углы в В-форме углы в dna4.pdb

   По значениям торсионных углов можно сделать вывод что ДНК из файла dna4.pdb более похожа на A-форму.

   А-форма ДНК

   
   

   B-форма ДНК

   
   

   Исследуемая ДНК(dna4.pdb)

   

©Фомичева Анастасия,2006