Работа с некодирующими последовательностями


    Использованные команды: entret embl:AALF01000002 -auto и seqretAALF01000002.entret -sask

    Нуклеотидная последовательность начинается с 119001 по 123000 нуклеотид из генома Yersinia intermedia.
    Был проиндексирован протеом Salmonella typhimurium командой formatdb -i salty_proteome.fasta -p T -n st.
    Для поиска белков, похожих на белки из организма Salmonella typhimurium, была использована программа BLASTX. команда: blastall -p blastx -d st -i aalf01000002.fasta -o stres.txt.
    Характеристика лучшей находки (query - Yersinia intermedia, Sbjct - Salmonella typhimurium):

    >Q8ZMG5 Q8ZMG5_SALTY Putative tRNA synthase. Length = 420 Score = 380 bits (976), Expect = e-106 Identities = 203/324 (62%), Positives = 237/324 (73%), Gaps = 2/324 (0%) Frame = -2

    Выравнивание

    Гипотетические гены

       3'---------------------------------------[ <= ген ygbM, 1635-2408 ]--------[ <= ген fucA, 2426-3010]---[ <= ген ygbK, 3034-3999]---5' 
       5'-------[ => ген galR, 105-1043 ]---------------------------------------------------------------------------------------------------------3' 

    ID в UniProt Q8ZMG5 Q8ZMG6 Q8ZMC7 P74866
    Название генов ygbK ygbM fucA galR
    Координаты по blastx 3999-3034 2408-1635 3010-2426 1043-105
    ID в EMBL EMBL:AE008833 EMBL:AE008833 EMBL:AE008836 EMBL:AE008838

    Гены ygbM(3528..4304) и ygbK(4944..6217) в геноме Salmonella typhimurium близко расположены, так же как и в геноме Yersinia intermedia.

    На главную страницу


    ©Фомичева Анастасия,2006