Нуклеотидная последовательность начинается с 119001 по 123000 нуклеотид из генома Yersinia intermedia.
Был проиндексирован протеом Salmonella typhimurium командой formatdb -i salty_proteome.fasta -p T -n st.
Для поиска белков, похожих на белки из организма Salmonella typhimurium, была использована программа BLASTX.
команда:
blastall -p blastx -d st -i aalf01000002.fasta -o stres.txt.
Характеристика лучшей находки (query - Yersinia intermedia, Sbjct - Salmonella typhimurium):
>Q8ZMG5 Q8ZMG5_SALTY Putative tRNA synthase.
Length = 420
Score = 380 bits (976), Expect = e-106
Identities = 203/324 (62%), Positives = 237/324 (73%), Gaps = 2/324 (0%)
Frame = -2
3'---------------------------------------[ <= ген ygbM, 1635-2408 ]--------[ <= ген fucA, 2426-3010]---[ <= ген ygbK, 3034-3999]---5'
5'-------[ => ген galR, 105-1043 ]---------------------------------------------------------------------------------------------------------3'
ID в UniProt | Q8ZMG5 | Q8ZMG6 | Q8ZMC7 | P74866 |
Название генов | ygbK | ygbM | fucA | galR |
Координаты по blastx | 3999-3034 | 2408-1635 | 3010-2426 | 1043-105 |
ID в EMBL | EMBL:AE008833 | EMBL:AE008833 | EMBL:AE008836 | EMBL:AE008838 |
Гены ygbM(3528..4304) и ygbK(4944..6217) в геноме Salmonella typhimurium близко расположены, так же как и в геноме Yersinia intermedia.
На главную страницу
©Фомичева Анастасия,2006