Занятие2. Банк EMBL

На главную страницу

Задание №1 :

Название моего белка - RPOA_ECOLI

Сравнение разных записей в EMBL

Идентификатор записи EMBL Тип молекулы
Класс данных
Раздел EMBL
 Дата создания
документа
Описание
Длина последовательности
AP009048 геномная ДНК Стандарт Прокариоты 22.01.2006 Escherichia coli W3110 DNA, complete genome 4646332 п.о.
J01685 геномная ДНК Стандарт Прокариоты 26.07.1991 Escherichia coli alpha ribosomal protein operon operon, partial sequence. 1623 п.о.
M29822 геномная ДНК Стандарт Прокариоты 11.07.1991 E.coli rpsD gene, 3' end and rpoA gene, 5' end. 263 п.о.
U00096 геномная ДНК Стандарт Прокариоты 23.02.2006 Escherichia coli K12 MG1655, complete genome 4639675 п.о.
U18997 геномная ДНК Стандарт Прокариоты 30.12.1994 Escherichia coli K-12 chromosomal region from 67.4 to 76.0 minutes. 372438 п.о.
V00353 геномная ДНК Стандарт Прокариоты 9.06.1982 Fragments of the E. coli genes rpsD and rpoA. rpsD codes for ribosomal protein S4 and rpoA codes for RNA polymerase (alpha subunit). 685 п.о.
X00766 геномная ДНК Стандарт Прокариоты 13.06.1985 E.coli rpoA-rplQ DNA for RNA-polymerase alpha subunit and ribosomal component L17 1424 п.о.
X02543 геномная ДНК Стандарт Прокариоты 02.07.1986 E. coli alpha ribosomal protein operon for ribosomal proteins S13, S11, S4,L17 and RNA polymerase alpha-subunit 3154 п.о.
M29823 геномная ДНК Стандарт Прокариоты 11.07.1991 E.coli rpsD gene, 3' end and rpoA gene, 5' end. 317 п.о.
M29824 геномная ДНК Стандарт Прокариоты 11.07.1991 E.coli rpsD gene, 3' end and rpoA gene, 5' end. 242 п.о.
X53843 геномная ДНК Стандарт Прокариоты 26.10.1990 E.coli RNA polymerase alpha subunit gene (rpoA112) 987 п.о.
X53844 геномная ДНК Стандарт Прокариоты 29.10.1990 E. coli RNA polymerase alpha subunit gene (rpoA101) 987 п.о.

Задание №2:

Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL

  • Было выбрано 2 последовательности:X53843 и X53844.

    Последовательности, кодирующие белок RPOA_ECOLI в двух записях банка EMBL

      I II
    ID записи X53843 X53844
    Начало гена в записи 1 1
    Конец гена в записи 987 987
    Направление гена на прямой цепи на прямой цепи

    Идентичность выравнивания - 99.8%. Полученное выравнивание можно посмотреть здесь

    Произошла не синонимичная замена ( t из гена X53843 заменился на с из гена X53844), цистеина на аргенин, первая позиция в кодоне.

  • Знакомство с записью гена из эукариотического генома

      • Название гена - HBZ. Запись EMBL- AE006462.

      Файл с данным мне геном тут 
        5'-----[=> 142909...143003]--...--[144271...144399]----3'
    • Общее число экзонов в гене - 3.

      ©Фомичева Анастасия,2006