>ref|NP_252928.1| DNA-directed RNA polymerase subunit alpha [Pseudomonas aeruginosa
PAO1]
ref|ZP_00967359.1| COG0202: DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit/40 kD subunit
[Pseudomonas aeruginosa C3719]
ref|ZP_00973075.1| COG0202: DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit/40 kD subunit
[Pseudomonas aeruginosa 2192]
ref|ZP_01367672.1| hypothetical protein PaerPA_01004825 [Pseudomonas aeruginosa
PACS2]
ref|YP_788881.1| DNA-directed RNA polymerase subunit alpha [Pseudomonas aeruginosa
UCBPP-PA14]
ref|YP_001346248.1| DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit [Pseudomonas aeruginosa
PA7]
sp|O52760.2|RPOA_PSEAE DNA-directed RNA polymerase subunit alpha (RNAP subunit alpha)
(Transcriptase subunit alpha) (RNA polymerase subunit alpha)
sp|Q02T55.1|RPOA_PSEAB DNA-directed RNA polymerase subunit alpha (RNAP subunit alpha)
(Transcriptase subunit alpha) (RNA polymerase subunit alpha)
gb|AAG07626.1|AE004841_4 DNA-directed RNA polymerase alpha chain [Pseudomonas aeruginosa
PAO1]
gb|ABJ15630.1| DNA-directed RNA polymerase alpha chain [Pseudomonas aeruginosa
UCBPP-PA14]
gb|EAZ54544.1| DNA-directed RNA polymerase alpha chain [Pseudomonas aeruginosa
C3719]
gb|EAZ60350.1| DNA-directed RNA polymerase alpha chain [Pseudomonas aeruginosa
2192]
gb|ABR81740.1| DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit [Pseudomonas aeruginosa
PA7]
Length=333
GENE ID: 881813 rpoA | DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
[Pseudomonas aeruginosa PAO1] (10 or fewer PubMed links)
Score = 384 bits (987), Expect = 2e-107, Method: Compositional matrix adjust.
Identities = 191/266 (71%), Positives = 225/266 (84%), Gaps = 1/266 (0%)
Query 1 IDGVLHEYSTKEGVQEDILEILLNLKGLAVRVQGKDEVILTLNKSGIGPVTAADITHDGD 60
IDGVLHEYS EGVQED++EILLNLKGLA+++ G+DEV LTL K G G VTAADI D D
Sbjct 61 IDGVLHEYSAIEGVQEDVIEILLNLKGLAIKLHGRDEVTLTLAKKGSGVVTAADIQLDHD 120
Query 61 VEIVKPQHVICHLTDENASISMRIKVQRGRGYVPASTRIHSEEDERPIGRLLVDACYSPV 120
VEI+ HVI +L D N +++M++KV RGRGY PA R E++ R IGRL +DA +SPV
Sbjct 121 VEIINGDHVIANLAD-NGALNMKLKVARGRGYEPADARQSDEDESRSIGRLQLDASFSPV 179
Query 121 ERIAYNVEAARVEQRTDLDKLVIEMETNGTIDPEEAIRRAATILAEQLEAFVDLRDVRQP 180
R++Y VE ARVEQRT+LDKLV+++ETNGT+DPEEAIRRAATIL +QL AFVDL+ +P
Sbjct 180 RRVSYVVENARVEQRTNLDKLVLDLETNGTLDPEEAIRRAATILQQQLAAFVDLKGDSEP 239
Query 181 EVKEEKPEFDPILLRPVDDLELTVRSANCLKAEAIHYIGDLVQRTEVELLKTPNLGKKSL 240
V+E++ E DPILLRPVDDLELTVRSANCLKAE I+YIGDL+QRTEVELLKTPNLGKKSL
Sbjct 240 VVEEQEDEIDPILLRPVDDLELTVRSANCLKAENIYYIGDLIQRTEVELLKTPNLGKKSL 299
Query 241 TEIKDVLASRGLSLGMRLENWPPASI 266
TEIKDVLASRGLSLGMRL+NWPPAS+
Sbjct 300 TEIKDVLASRGLSLGMRLDNWPPASL 325
a) Белковая последовательнось:
>gi|15599434|ref|NP_252928.1| DNA-directed RNA polymerase subunit alpha [Pseudomonas aeruginosa PAO1]
MQSSVNEFLTPRHIDVQVVSQTRAKITLEPLERGFGHTLGNALRRILLSSMPGCAVVEAEIDGVLHEYSA
IEGVQEDVIEILLNLKGLAIKLHGRDEVTLTLAKKGSGVVTAADIQLDHDVEIINGDHVIANLADNGALN
MKLKVARGRGYEPADARQSDEDESRSIGRLQLDASFSPVRRVSYVVENARVEQRTNLDKLVLDLETNGTL
DPEEAIRRAATILQQQLAAFVDLKGDSEPVVEEQEDEIDPILLRPVDDLELTVRSANCLKAENIYYIGDL
IQRTEVELLKTPNLGKKSLTEIKDVLASRGLSLGMRLDNWPPASLKKDDKATA
b)Нуклеотидная последовательность:
>gi|110645304:c4755424-4754423 Pseudomonas aeruginosa PAO1, complete genome
ATGCAGAGTTCGGTAAATGAGTTCCTGACCCCCCGCCACATCGATGTGCAGGTGGTCAGTCAAACCCGCG
CCAAGATCACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTTGGTCACACCCTGGGCAACGCGCTGCGTCGCATCCT
GTTGTCCTCCATGCCTGGCTGCGCAGTGGTCGAGGCCGAGATCGACGGCGTACTCCACGAGTACTCGGCG
ATCGAAGGTGTGCAGGAAGATGTAATCGAGATCCTGCTGAACCTGAAAGGTCTGGCCATCAAGCTGCACG
GTCGTGATGAAGTGACGCTGACCCTGGCTAAGAAGGGCTCGGGTGTTGTGACTGCTGCCGATATTCAGCT
GGATCACGATGTTGAGATCATCAACGGTGACCACGTTATCGCCAACCTGGCAGACAACGGCGCGCTGAAC
ATGAAGCTGAAGGTAGCTCGTGGCCGTGGCTACGAGCCTGCCGACGCACGTCAGAGCGATGAAGACGAAA
GCCGCAGCATCGGCCGTCTGCAGCTCGACGCATCGTTCAGCCCGGTCCGTCGTGTCTCCTACGTGGTGGA
AAACGCCCGTGTCGAGCAGCGCACCAACCTGGACAAACTGGTCCTGGACCTGGAAACCAACGGCACTCTG
GATCCCGAAGAGGCTATCCGTCGCGCCGCTACCATCCTGCAACAGCAGCTGGCAGCGTTCGTGGACCTCA
AGGGCGACAGCGAACCCGTCGTTGAAGAGCAGGAAGACGAGATCGATCCGATCCTCCTGCGCCCGGTCGA
TGACCTGGAACTGACCGTACGTTCGGCCAACTGCCTGAAGGCGGAAAACATCTACTACATCGGTGACCTG
ATCCAGCGCACCGAAGTGGAACTGTTGAAAACGCCGAACCTGGGCAAGAAGTCCCTGACCGAAATCAAGG
ACGTTCTGGCTTCCCGTGGTCTGTCCCTCGGTATGCGCCTCGATAACTGGCCGCCGGCAAGTCTTAAGAA
AGACGACAAGGCCACTGCCTGA
3) Построение выравниваний:
needle 1.fasta 2.fasta res.file.
Аминокислотное выравнивание получилось довольно хорошим (по умолчанию
приняты параметрами штрафов за открытие и продолжение гэпов).
Нуклеотидное выравнивание можно считать лишь удовлетворительным
(при параметрах 20 за открытие и 10 за продолжение гепов).
Аминокислотное выравнивание:
Aligned_sequences: 2
1: RPOA_ECOLI
2: NP_252928.1
Matrix: EBLOSUM62
Gap_penalty: 10.0
Extend_penalty: 0.5
Length: 334
Identity: 238/334 (71.3%)
Similarity: 277/334 (82.9%)
Gaps: 6/334 ( 1.8%)
Score: 1208.0
RPOA_ECOLI 1 MQGSVTEFLKPRLVDIEQVSSTHAKVTLEPLERGFGHTLGNALRRILLSS 50
||.||.|||.||.:|::.||.|.||:||||||||||||||||||||||||
NP_252928.1 1 MQSSVNEFLTPRHIDVQVVSQTRAKITLEPLERGFGHTLGNALRRILLSS 50
RPOA_ECOLI 51 MPGCAVTEVEIDGVLHEYSTKEGVQEDILEILLNLKGLAVRVQGKDEVIL 100
||||||.|.||||||||||..||||||::||||||||||:::.|:|||.|
NP_252928.1 51 MPGCAVVEAEIDGVLHEYSAIEGVQEDVIEILLNLKGLAIKLHGRDEVTL 100
RPOA_ECOLI 101 TLNKSGIGPVTAADITHDGDVEIVKPQHVICHLTDENASISMRIKVQRGR 150
||.|.|.|.||||||..|.||||:...|||.:|.| |.:::|::||.|||
NP_252928.1 101 TLAKKGSGVVTAADIQLDHDVEIINGDHVIANLAD-NGALNMKLKVARGR 149
RPOA_ECOLI 151 GYVPASTRIHSEEDERPIGRLLVDACYSPVERIAYNVEAARVEQRTDLDK 200
||.||..|...|::.|.||||.:||.:|||.|::|.||.|||||||:|||
NP_252928.1 150 GYEPADARQSDEDESRSIGRLQLDASFSPVRRVSYVVENARVEQRTNLDK 199
RPOA_ECOLI 201 LVIEMETNGTIDPEEAIRRAATILAEQLEAFVDLRDVRQPEVKEEKPEFD 250
||:::|||||:|||||||||||||.:||.|||||:...:|.|:|::.|.|
NP_252928.1 200 LVLDLETNGTLDPEEAIRRAATILQQQLAAFVDLKGDSEPVVEEQEDEID 249
RPOA_ECOLI 251 PILLRPVDDLELTVRSANCLKAEAIHYIGDLVQRTEVELLKTPNLGKKSL 300
|||||||||||||||||||||||.|:|||||:||||||||||||||||||
NP_252928.1 250 PILLRPVDDLELTVRSANCLKAENIYYIGDLIQRTEVELLKTPNLGKKSL 299
RPOA_ECOLI 301 TEIKDVLASRGLSLGMRLENWPPASIADE----- 329
||||||||||||||||||:||||||:..:
NP_252928.1 300 TEIKDVLASRGLSLGMRLDNWPPASLKKDDKATA 333
Нуклеотидное выравнивание:
# Program: needle
# Rundate: Tue 20 May 2008 17:51:21
# Commandline: needle
# [-asequence] rpoa_gene.fasta
# [-bsequence] rpoa2_gene.fasta
# [-outfile] ress2.file
# -gapopen 20
# -gapextend 10
# Align_format: srspair
# Report_file: ress2.file
########################################
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: rpoa
# 2: c4755424-4754423
# Matrix: EDNAFULL
# Gap_penalty: 20.0
# Extend_penalty: 10.0
#
# Length: 1005
# Identity: 678/1005 (67.5%)
# Similarity: 678/1005 (67.5%)
# Gaps: 18/1005 ( 1.8%)
# Score: 2114.0
#
#
rpoa 1 ATGCAGGGTTCTGTGACAGAGTTTCTAAAACCGCGCCTGGTTGATATCGA 50
||||||.||||.||.|..|||||.||.|..||.||||...|.|||.|..|
c4755424-4754 1 ATGCAGAGTTCGGTAAATGAGTTCCTGACCCCCCGCCACATCGATGTGCA 50
rpoa 51 GCAAGTGAGTTCGACGCACGCCAAGGTGACCCTTGAGCCTTTAGAGCGTG 100
|...||.|||...||.|.|||||||.|.||.||.||||||.|.|||||||
c4755424-4754 51 GGTGGTCAGTCAAACCCGCGCCAAGATCACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTG 100
rpoa 101 GCTTTGGCCATACTCTGGGTAACGCACTGCGCCGTATTCTGCTCTCATCG 150
|.|||||.||.||.|||||.|||||.|||||.||.||.|||.|.||.||.
c4755424-4754 101 GTTTTGGTCACACCCTGGGCAACGCGCTGCGTCGCATCCTGTTGTCCTCC 150
rpoa 151 ATGCCGGGTTGCGCGGTGACCGAGGTTGAGATTGATGGTGTACTACATGA 200
|||||.||.|||||.|||..|||||..|||||.||.||.|||||.||.||
c4755424-4754 151 ATGCCTGGCTGCGCAGTGGTCGAGGCCGAGATCGACGGCGTACTCCACGA 200
rpoa 201 GTACAGCACCAAAGAAGGCGTTCAGGAAGATATCCTGGAAATCCTGCTCA 250
||||....|.|..|||||.||.|||||||||.|..|.||.||||||||.|
c4755424-4754 201 GTACTCGGCGATCGAAGGTGTGCAGGAAGATGTAATCGAGATCCTGCTGA 250
rpoa 251 ACCTGAAAGGGCTGGCGGTGAGAGTTCAGGGCAAAGATGAAGTTATTCTT 300
||||||||||.|||||..|.|...|.||.||....||||||||.|..||.
c4755424-4754 251 ACCTGAAAGGTCTGGCCATCAAGCTGCACGGTCGTGATGAAGTGACGCTG 300
rpoa 301 ACCTTGAATAAATCTGGCATTGGCCCTGTGACTGCAGCCGATATCACCCA 350
|||.||..|||....|||...||...|||||||||.||||||||....|.
c4755424-4754 301 ACCCTGGCTAAGAAGGGCTCGGGTGTTGTGACTGCTGCCGATATTCAGCT 350
rpoa 351 CGACGGTGATGTCGAAATCGTCAAGCCGCAGCACGTGATCTGCCACCTGA 400
.||....|||||.||.|||.||||.....|.|||||.|||..|.|||||
c4755424-4754 351 GGATCACGATGTTGAGATCATCAACGGTGACCACGTTATCGCCAACCTG- 399
rpoa 401 CCGATGAGAACGCGTCTATTAGCATGCGTATCAAAGTTCAGCGCGGTCGT 450
|..||.||||...|..|.|.||||....|.||.||....||.||.|||
c4755424-4754 400 --GCAGACAACGGCGCGCTGAACATGAAGCTGAAGGTAGCTCGTGGCCGT 447
rpoa 451 GGTTATGTGCCGGCTTCTACCCGAATTCATTCGGAAGAAGATGAGCGCCC 500
||.||.|.|||.||.....|.||..........|||||.||....|||..
c4755424-4754 448 GGCTACGAGCCTGCCGACGCACGTCAGAGCGATGAAGACGAAAGCCGCAG 497
rpoa 501 AATCGGCCGTCTGCTGGTCGACGCATGCTACAGCCCTGTGGAGCGTATTG 550
.|||||||||||||.|.|||||||||..|.||||||.||....|||.|..
c4755424-4754 498 CATCGGCCGTCTGCAGCTCGACGCATCGTTCAGCCCGGTCCGTCGTGTCT 547
rpoa 551 CCTACAATGTTGAAGCAGCGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAG 600
|||||...||.|||...||.|||||.||.|||||.|||.||||||||||.
c4755424-4754 548 CCTACGTGGTGGAAAACGCCCGTGTCGAGCAGCGCACCAACCTGGACAAA 597
rpoa 601 CTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGAT 650
||||||.|.||..||||||||||||||||..|.|||||.||||||||.||
c4755424-4754 598 CTGGTCCTGGACCTGGAAACCAACGGCACTCTGGATCCCGAAGAGGCTAT 647
rpoa 651 TCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACT 700
.|||||.||.||.|||||.|||....|.||.||||.|||.|||||.|||.
c4755424-4754 648 CCGTCGCGCCGCTACCATCCTGCAACAGCAGCTGGCAGCGTTCGTGGACC 697
rpoa 701 TACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGAT 750
|....|..|...|..|.||.|..||..||||..||.||...|||.|||||
c4755424-4754 698 TCAAGGGCGACAGCGAACCCGTCGTTGAAGAGCAGGAAGACGAGATCGAT 747
rpoa 751 CCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCTCTGC 800
||||||||.||||||||.||.||.||.||||||.||||.||.||.||.||
c4755424-4754 748 CCGATCCTCCTGCGCCCGGTCGATGACCTGGAACTGACCGTACGTTCGGC 797
rpoa 801 TAACTGCCTTAAAGCAGAAGCTATCCACTATATCGGTGATCTGGTACAGC 850
.||||||||.||.||.|||...|||.||||.||||||||.|||.|.||||
c4755424-4754 798 CAACTGCCTGAAGGCGGAAAACATCTACTACATCGGTGACCTGATCCAGC 847
rpoa 851 GTACCGAGGTTGAGCTCCTTAAAACGCCTAACCTTGGTAAAAAATCTCTT 900
|.|||||.||.||.||..|.||||||||.|||||.||.||.||.||.||.
c4755424-4754 848 GCACCGAAGTGGAACTGTTGAAAACGCCGAACCTGGGCAAGAAGTCCCTG 897
rpoa 901 ACTGAGATTAAAGACGTGCTGGCTTCCCGTGGACTGTCTCTGGGCATGCG 950
||.||.||.||.|||||.||||||||||||||.|||||.||.||.|||||
c4755424-4754 898 ACCGAAATCAAGGACGTTCTGGCTTCCCGTGGTCTGTCCCTCGGTATGCG 947
rpoa 951 CCTGGAAAACTGGCCACCGGCAAGCATCGCTGACGAGTAA---------- 990
|||.||.||||||||.||||||||..|.....|.||..|.
c4755424-4754 948 CCTCGATAACTGGCCGCCGGCAAGTCTTAAGAAAGACGACAAGGCCACTG 997
rpoa 990 ----- 990
c4755424-4754 998 CCTGA 1002
Белковое выравнивание достаточно соответствует нуклеотидному. В белковом выравнивании
есть только один геп, в то время как в нуклеотидном выравнивании
гепы встречаются в трех местах.
Это можно объяснить тем, что программа что построение нуклеотидного выравнивания,
большого по размеру, достаточно непросто для любой программы, в том числе и для
needle.
4) PAL2NAL:
1. Перечислить, что может делать PAL2NAL.
Pal2Nal - это программа, которая превращает выравнивание
белковых последовательностей и соответствующие последовательности
ДНК (или мРНК) в выравнивание кодонов. Эта программа автоматически приводит
надлежащий кодон (даже если в подаваемой на вход последовательности ДНК
имеются несоответствия с белковой последовательностью или присутствуют UTRs,
polyA tails). Pal2Nal работает даже со сдвигом рамки.
Также PAL2NAL может рассчитывать Ka и Ks.
2. Построение нуклеотидного выравнивания с разбивкой на кодоны.
PAL2NAL output
M Q G S V T E F L K P R L V D I E Q V S
RPOA_ECOLI ATG CAG GGT TCT GTG ACA GAG TTT CTA AAA CCG CGC CTG GTT GAT ATC GAG CAA GTG AGT
M Q S S V N E F L T P R H I D V Q V V S
NP_252928.1 ATG CAG AGT TCG GTA AAT GAG TTC CTG ACC CCC CGC CAC ATC GAT GTG CAG GTG GTC AGT
S T H A K V T L E P L E R G F G H T L G
RPOA_ECOLI TCG ACG CAC GCC AAG GTG ACC CTT GAG CCT TTA GAG CGT GGC TTT GGC CAT ACT CTG GGT
Q T R A K I T L E P L E R G F G H T L G
NP_252928.1 CAA ACC CGC GCC AAG ATC ACG CTC GAG CCT CTC GAG CGT GGT TTT GGT CAC ACC CTG GGC
N A L R R I L L S S M P G C A V T E V E
RPOA_ECOLI AAC GCA CTG CGC CGT ATT CTG CTC TCA TCG ATG CCG GGT TGC GCG GTG ACC GAG GTT GAG
N A L R R I L L S S M P G C A V V E A E
NP_252928.1 AAC GCG CTG CGT CGC ATC CTG TTG TCC TCC ATG CCT GGC TGC GCA GTG GTC GAG GCC GAG
I D G V L H E Y S T K E G V Q E D I L E
RPOA_ECOLI ATT GAT GGT GTA CTA CAT GAG TAC AGC ACC AAA GAA GGC GTT CAG GAA GAT ATC CTG GAA
I D G V L H E Y S A I E G V Q E D V I E
NP_252928.1 ATC GAC GGC GTA CTC CAC GAG TAC TCG GCG ATC GAA GGT GTG CAG GAA GAT GTA ATC GAG
I L L N L K G L A V R V Q G K D E V I L
RPOA_ECOLI ATC CTG CTC AAC CTG AAA GGG CTG GCG GTG AGA GTT CAG GGC AAA GAT GAA GTT ATT CTT
I L L N L K G L A I K L H G R D E V T L
NP_252928.1 ATC CTG CTG AAC CTG AAA GGT CTG GCC ATC AAG CTG CAC GGT CGT GAT GAA GTG ACG CTG
T L N K S G I G P V T A A D I T H D G D
RPOA_ECOLI ACC TTG AAT AAA TCT GGC ATT GGC CCT GTG ACT GCA GCC GAT ATC ACC CAC GAC GGT GAT
T L A K K G S G V V T A A D I Q L D H D
NP_252928.1 ACC CTG GCT AAG AAG GGC TCG GGT GTT GTG ACT GCT GCC GAT ATT CAG CTG GAT CAC GAT
V E I V K P Q H V I C H L T D E N A S I
RPOA_ECOLI GTC GAA ATC GTC AAG CCG CAG CAC GTG ATC TGC CAC CTG ACC GAT GAG AAC GCG TCT ATT
V E I I N G D H V I A N L A D - N G A L
NP_252928.1 GTT GAG ATC ATC AAC GGT GAC CAC GTT ATC GCC AAC CTG GCA GAC --- AAC GGC GCG CTG
S M R I K V Q R G R G Y V P A S T R I H
RPOA_ECOLI AGC ATG CGT ATC AAA GTT CAG CGC GGT CGT GGT TAT GTG CCG GCT TCT ACC CGA ATT CAT
N M K L K V A R G R G Y E P A D A R Q S
NP_252928.1 AAC ATG AAG CTG AAG GTA GCT CGT GGC CGT GGC TAC GAG CCT GCC GAC GCA CGT CAG AGC
S E E D E R P I G R L L V D A C Y S P V
RPOA_ECOLI TCG GAA GAA GAT GAG CGC CCA ATC GGC CGT CTG CTG GTC GAC GCA TGC TAC AGC CCT GTG
D E D E S R S I G R L Q L D A S F S P V
NP_252928.1 GAT GAA GAC GAA AGC CGC AGC ATC GGC CGT CTG CAG CTC GAC GCA TCG TTC AGC CCG GTC
E R I A Y N V E A A R V E Q R T D L D K
RPOA_ECOLI GAG CGT ATT GCC TAC AAT GTT GAA GCA GCG CGT GTA GAA CAG CGT ACC GAC CTG GAC AAG
R R V S Y V V E N A R V E Q R T N L D K
NP_252928.1 CGT CGT GTC TCC TAC GTG GTG GAA AAC GCC CGT GTC GAG CAG CGC ACC AAC CTG GAC AAA
L V I E M E T N G T I D P E E A I R R A
RPOA_ECOLI CTG GTC ATC GAA ATG GAA ACC AAC GGC ACA ATC GAT CCT GAA GAG GCG ATT CGT CGT GCG
L V L D L E T N G T L D P E E A I R R A
NP_252928.1 CTG GTC CTG GAC CTG GAA ACC AAC GGC ACT CTG GAT CCC GAA GAG GCT ATC CGT CGC GCC
A T I L A E Q L E A F V D L R D V R Q P
RPOA_ECOLI GCA ACC ATT CTG GCT GAA CAA CTG GAA GCT TTC GTT GAC TTA CGT GAT GTA CGT CAG CCT
A T I L Q Q Q L A A F V D L K G D S E P
NP_252928.1 GCT ACC ATC CTG CAA CAG CAG CTG GCA GCG TTC GTG GAC CTC AAG GGC GAC AGC GAA CCC
E V K E E K P E F D P I L L R P V D D L
RPOA_ECOLI GAA GTG AAA GAA GAG AAA CCA GAG TTC GAT CCG ATC CTG CTG CGC CCT GTT GAC GAT CTG
V V E E Q E D E I D P I L L R P V D D L
NP_252928.1 GTC GTT GAA GAG CAG GAA GAC GAG ATC GAT CCG ATC CTC CTG CGC CCG GTC GAT GAC CTG
E L T V R S A N C L K A E A I H Y I G D
RPOA_ECOLI GAA TTG ACT GTC CGC TCT GCT AAC TGC CTT AAA GCA GAA GCT ATC CAC TAT ATC GGT GAT
E L T V R S A N C L K A E N I Y Y I G D
NP_252928.1 GAA CTG ACC GTA CGT TCG GCC AAC TGC CTG AAG GCG GAA AAC ATC TAC TAC ATC GGT GAC
L V Q R T E V E L L K T P N L G K K S L
RPOA_ECOLI CTG GTA CAG CGT ACC GAG GTT GAG CTC CTT AAA ACG CCT AAC CTT GGT AAA AAA TCT CTT
L I Q R T E V E L L K T P N L G K K S L
NP_252928.1 CTG ATC CAG CGC ACC GAA GTG GAA CTG TTG AAA ACG CCG AAC CTG GGC AAG AAG TCC CTG
T E I K D V L A S R G L S L G M R L E N
RPOA_ECOLI ACT GAG ATT AAA GAC GTG CTG GCT TCC CGT GGA CTG TCT CTG GGC ATG CGC CTG GAA AAC
T E I K D V L A S R G L S L G M R L D N
NP_252928.1 ACC GAA ATC AAG GAC GTT CTG GCT TCC CGT GGT CTG TCC CTC GGT ATG CGC CTC GAT AAC
W P P A S I A D E - - - - -
RPOA_ECOLI TGG CCA CCG GCA AGC ATC GCT GAC GAG --- --- --- --- ---
W P P A S L K K D D K A T A
NP_252928.1 TGG CCG CCG GCA AGT CTT AAG AAA GAC GAC AAG GCC ACT GCC
В полученном выравнивании встретился только 1 геп, также как при выравнивании, полученном с
помощью программы needle.
3. Значения Ka/Ks для сравниваемых генов:
KS = 50.4626
KA = 0.1932
KA/KS = 0.0038
Так как полученное отношение меньше единицы, то мы можем сделать вывод, что на ген rpoA действует
стабилизирующий отбор.
На главную
страницу
©Фомичева Анастасия,2006