-
Этапы работы:
fseqboot ali.fasta -auto -
В файле ali.fseqboot, содержится 100 бутстреп-реплик выравнивания;
fdnaml ali.fseqboot -auto -
В файле ali.fdnaml, содержится 100 скобочных формул, которые соответствуют реконструкциям,
для каждого выравнивания;
fconsense ali.treefile -auto -
В файле ali.fconsense,находится бутстреп-анализа.
Консенсусное дерево :
+-------------E
+-55.0-|
| | +------B
+-68.0-| +-85.0-|
| | +------A
+------| |
| | +--------------------F
| |
| +---------------------------D
|
+----------------------------------C
ali.fseqboot
консенсусное дерево Бутстреп-значение реальное дерево Бутстреп-значения
A B C D E F A B C D E F
. . * * * * 85/100 . . * * * * 85/100
. . * * . * 55/100 * * . . * * 68/100
. . * * . . 68/100 * * * * . . 15/100
Исходя из данных таблицы, не все ветви перешли порог 70/100 бутстреп-значения,
поэтому нельзя говорить о надежности топологии реконструкции дерева.
-
Задание 2. Изображение филогенетического дерева в графическом формате.
-
fdrawtree tree.txt tree.ps -auto :
Эта программа позволяет изображать неукорененные деревья ( как видно из рисунка).
Получая на вход скобочную форму, она выдает дерево,ветви которого построены согласно эволюционным
расстояниям.
На главную страницу
©Фомичева Анастасия,2006