Занятие 4. Поиск гомологов некодирующей нуклеотидной последовательности

  • Определение того, какая тРНК была (скорее всего) использована рибосомой при присоединении 4-ого аминокислотного остатка к растущей цепи вашего белка.

    • Таблица 1. Выбор тРНК

     Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка RPOA_ECOLI Ser
     Соответствующий кодон в гене rpoA 5'-TCT-3'
     Идеальный антикодон 5'-AGA-3'
     Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка S
    (если опираться на генетический код)?    		  6
     Сколько тРНК для остатка S аннотировано в геноме кишечной палочки?  4
     Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК:
     название гена   serW
     координаты гена в записи EMBL  925107..925194
     антикодон  5'-GGA-3'

    Команда, использованная для поиска всех сериновых тРНК в геноме. 
     grep "anticodon.*serine" ecoli.embl>result.txt
    Результаты поиска. 
    FT                   /note="codons recognized: UCY; anticodon: GGA serine tRNA5;
FT                   /note="codons recognized: UCD; anticodon: UGA serine tRNA1;
FT                   /note="codons recognized: UCY; anticodon: GGA serine tRNA5;
FT                   /note="codon recognized: UCG; anticodon: CGA serine tRNA2;
FT                   /note="codons recognized: AGY; anticodon: GCU serine tRNA3;

  • Поиск гомологичных тРНК в геноме архебактерии

    • Таблица 2. Поиск в геноме Pyrococcus furiosus последовательностей, сходных с сериновой тРНК E.coli

    Программа FastA BLASTN MegaBLAST Discontigous
    MegaBLAST
    Число находок с Е-value < 0,001  2  0  0  0
    Характеристика лучшей находки:
      E-value находки  0.0019  1.8  1.8  -
      Номер сектора генома  125  116  116  -
      AC соответствующей записи EMBL  AE010241  AE010241  AE010241  -
      координаты выравниваний в записи EMBL  6721-6804  5430-5418  5430-5418  -
    Аннотация лучшей находки по EMBL
    		  tRNA-Ser  translation elongation factor eF-1, subunit alpha (tuf)  translation elongation factor eF-1, subunit alpha (tuf)  -
    Команд, которые использовались при выполнении задания: 
    - создание базы данных по геному Pyrococcus furiosus: 

formatdb -i pf_genome.fasta -n pf -p F 

- для получения данных работы программы BLASTN: 

blastall -p blastn -d pf -i trna.fasta -o trnk.fasta
Получен файл trnk.fasta

- программа MEGABLAST: 

megablast -d pf -i trna.fasta -o mblast.txt -e 10 -D 2 -W 10 
Получен файл mblast.txt

- программа discontiguous MEGABLAST: 

megablast -d pf -i trna.fasta -o megablast.txt -e 10 -D 2 -W 14 
Получен файл megablast.txt 

- для получения данных работы программы fasta35 

fasta35 trna.fasta pf_genome.fasta 
Получен файл f35.txt
    Программа Discontiguous MegaBLAST последовательностей не нашла

    Выводы:

    Поиск гомологов сериновой тРНК бактерии Escherichia coli в геноме Sulfolobus solfataricus показал не очень хорошие результатов, т.к. предложенные программы работают с более длинными последовательностями и сам поиск велся в геноме археобактерии. Программа FASTA35 по результатам поиска с E-value <0.001 лучше всего справилась с задачей.

    На главную страницу

    ©Фомичева Анастасия,2006