Необходимый pdb-файл - 1X9N.pdb 
Измененный файл 1x9ncut.pdb
DNA_ligase_A_C (ATP dependent DNA ligase C terminal region) вырезан из белка с координатами: 754-901.
Идентификатор pfam A18858.

Задание №2. Исследовать контакты между молекулами белка и нуклеиновой кислоты с помощью программы RasMol


Результаты приведены ниже в таблице.



 
   
 Полярные 
 Гидрофобные 
 Всего 


 
 Контакты белка с ... 
 
   
   
   


 
 ... остатками 2'-дезоксирибозы 
 6
 39 
 45 


 
 ... остатками фосфорной кислоты 
 12 
 18 
 40 


 
 ... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 
 0 
 0 
 0 

 
 ... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 
 1
 1 
 2 





Контактов со стороны большой бороздки не обнаружено в силу ее удаленности и малодоступности.


Задание №3. Изучение остатков белка, отвечающих за специфичность узнавания белком ДНК


   
Специфическое взаимодействие произошло между Лизином 795 и аденином 17.




Задание №4. Описание функций исследованного белка

Данный мне белок представляет из себя С-конец ДНК лигазы.Этот участок найден во многих,
но не во всех АТФ-зависимых лигазных ферментах.Предпологают, что он состовляет часть 
каталитического центра ДНК лигазы 


Выравнивание Pfam  

находится здесь 
На основании полученного выравнивания можно считать , что выбранный специфический
 контакт между Лизином 795 и Аденином является консервативным.
 



Задание №5. Построение ДНК с помощью программы nucplot




 


 
При помощи программы nucplot были построены контакты днк с белком, причем программа nucplot 
построила контакты только с цепью B и D,потеряв при этом цепь С днк. 
Полученные картинка также подтверждает, что выбранный специфический контакт между 
Лизином 795 и Аденином является консервативным. 






©Фомичева Анастасия,2006