Эволюционная модель

I. Описание модельного филогенетического дерева.

Скобочная формула дерева:

((А:85,В:85):15,(((Е:33,F:33):27,D:50):45,С:95):5);

расстояния даны как число мутаций на 100 нуклеотидных остатков.
На основе этой формулы было построено филогенетическое дерево.

На этом дереве показаны узлы (отмечены цифрами), длины ветвей и листья (обозначены буквами).

Результаты упражнения I (2-5)

II. Построение эволюционной модели.

Длина гена белка ENO_ECOLI: 1299 нуклеотидов.

Скрипт, позволяющий получить все мутантные последовательности:

msbar eno_gene1.fasta mut1.fasta -point 4 -count 195 -auto
msbar eno_gene1.fasta mut2.fasta -point 4 -count 65 -auto
msbar mut1.fasta mutA.fasta -point 4 -count 1104 -auto
msbar mut1.fasta mutB.fasta -point 4 -count 1104 -auto
msbar mut2.fasta mutC.fasta -point 4 -count 1234 -auto
msbar mut2.fasta mut3.fasta -point 4 -count 585 -auto
msbar mut3.fasta mutD.fasta -point 4 -count 650 -auto
msbar mut3.fasta mut4.fasta -point 4 -count 351 -auto
msbar mut4.fasta mutE.fasta -point 4 -count 429 -auto
msbar mut4.fasta mutF.fasta -point 4 -count 429 -auto

Полные результаты упражнения II можно посмотреть здесь.