######################################## # Program: needle # Rundate: Sat Dec 17 2005 16:20:32 # Align_format: srspair # Report_file: ish.needle ######################################## #======================================= # # Aligned_sequences: 2 # 1: ISH # 2: 2 # Matrix: EDNAFULL # Gap_penalty: 100.0 # Extend_penalty: 10.0 # # Length: 1299 # Identity: 774/1299 (59.6%) # Similarity: 1008/1299 (77.6%) # Gaps: 0/1299 ( 0.0%) # Score: 2940.0 # # #======================================= ISH 1 atgtccaaaatcgtaaaaatcatcggtcgtgaaatcatcgactcccgtgg 50 ||:...|::||.||||.|||:.||:|||||:||.||||||..:|.:|||| 2 1 atsatwawmatwgtaagaatystcsgtcgtkaactcatcgyaycaygtgg 50 ISH 51 taacccgactgttgaagccgaagtacatctggagggtggtttcgtcggta 100 .|||.:|||:||.|||:|:|..|||.|||||||:|::.:||||:.||||: 2 51 gaacgsgacygtggaakcyggygtatatctggargkyartttcrgcggtr 100 ISH 101 tggcagctgctccgtcaggtgcttctactggttcccgtgaagctctggaa 150 ||...|:|.|||.|||.||:||:|:|||:.:|:|::..|||||:|.|||| 2 101 tgctkgstyctcagtcyggwgcytytacytrtycystagaagcwccggaa 150 ISH 151 ctgcgcgatggcgacaaatcccgtttcctgggtaaaggcgtaaccaaagc 200 ||:||||.|.|||.:|..|||||||:.||:||||.||:|.||||.|:|.| 2 151 ctscgcgtttgcgcyasttcccgttyrctrggtagagscytaactarawc 200 ISH 201 tgttgctgcggtaaacggcccgatcgctcaggcgctgattggcaaagatg 250 ||.:|.:||||.|||.|:..|:|||||::|||||..|:|||||::.:.|. 2 201 tgckgtwgcggcaaatgratckatcgckyaggcgargrttggcwmtsyty 250 ISH 251 ctaaagatcaggctggcattgacaagatcatgatcgacctggacggcacc 300 |.||..|:.||:|||.|...:|:|||.|.||||.::|:|.:..:||.|.: 2 251 ccaagaakaagsctgacggcrasaaggtgatgarykaycgsttygggarm 300 ISH 301 gaaaacaaatccaaattcggcgcgaacgcaatcctggctgtatctctggc 350 |||:..:||||.|||||||:|.:.||||||:|.|||||:|||::|:..|: 2 301 gaartgmaatctaaattcgrctyyaacgcamtwctggcygtawmtsragy 350 ISH 351 taacgccaaagctgctgcagctgctaaaggtatgccgctgtacgagcaca 400 |.|||:||..||.|||:...|||.|||:||||.|:|.:|||||||.||:| 2 351 tyacgycagygccgctktytctgttaawggtargyctytgtacgaacasa 400 ISH 401 tcgctgaactgaacggcactccgggcaaatactctatgccggttccgatg 450 :|||||:.|||||:|::||||:|:|.||.|...|||:||||:|.....:: 2 401 ycgctgmtctgaasgrmactcmgsgaaagtctcctaygccgrtagatyyr 450 ISH 451 atgaacatcatcaacggtggtgagcacgctgacaacaacgttgatatcca 500 |||.|:|:....|||:||.||||:..:||:|||||::||:||.|||:.:| 2 451 atggayaktccraackgtagtgaraysgcygacaaywacsttyataktsa 500 ISH 501 ggaattcatgattcagccggttggcgcgaaaactgtgaaagaagccatcc 550 :||..:|..|:|||||.||||::||.|.||||:||:.:|::|.||:|||| 2 501 rgacaycyrgrttcagtcggtkkgctccaaaamtgkcramraygcyatcc 550 ISH 551 gcatgggttctgaagttttccatcacctggcaaaagttctgaaagcgaaa 600 |.|:.|:||||:.||:||..|||||||||.||..|:..||.||.||||.| 2 551 ggayygsttctkcagyttatcatcacctgycatyakccctcaaygcgata 600 ISH 601 ggcatgaacactgctgttggtgacgaaggtggctatgcgccgaacctggg 650 |::.|||.|.||||||:::||:|||||||.|.:|||||||.|::.|...| 2 601 grygtgaycgctgctgwkrgtsacgaaggagastatgcgcagmracrccg 650 ISH 651 ttccaacgctgaagctctggctgttatcgctgaagctgttaaagctgctg 700 ||||.|||||.|..|||.|||||.|.:||::||..||||.|...|.|.:| 2 651 ttccyacgctcatactccggctgctcwcgyygatcctgtragtacrgrkg 700 ISH 701 gctatgaactgggcaaagacatcactctggcgatggactgcgcagcttct 750 |||.|..:|.|||.|:|:||||||||.:.||:.||||.||.||.|||:|| 2 701 gctttakrccgggkararacatcactrwcgckctggartgwgctgctkct 750 ISH 751 gaattctacaaagacggtaaatacgttctggctggcgaaggcaacaaagc 800 .|.:|||.||:.||||:|:|.||||.|||||.:||:.|||:|::::.||| 2 751 aacytctgcamsgacgstwactacgatctggakggyaaagrcwryrcagc 800 ISH 801 attcacctctgaagaattcactcacttcctggaagaactgaccaaacagt 850 |||||||.|:..||...|:||.||:|||:.|||.|.||.|.:|||||||| 2 801 attcaccgcwtgagcgctyacccasttcmcggaygcaccgymcaaacagt 850 ISH 851 acccgatcgtttccatcgaagacggtctggacgaatctgactgggacggt 900 ..||.||||.:|:.|||||.:::|..|||.||.::|:|||..|.|..|:. 2 851 caccyatcgcytyratcgassrmgccctgcaccmmtstgatcgagyrgrm 900 ISH 901 ttcgcataccagaccaaagttctgggcgacaaaatccagctggttggtga 950 |:||..|||.:.||:|:|..::|||:||||:||||.|:|:||.||::.|| 2 901 tycggctacrmwacyamaacyytggkcgacraaatgcrgmtgattkrrga 950 ISH 951 cgacctgttcgtaaccaacaccaagatcctgaaagaaggtatcgaaaaag 1000 .||||.|.||........|:|||.:||....||.:|||:|:|::.:|:|. 2 951 agaccggrtcyatgaattcrccackatracaaagkaagktmtmrgraraa 1000 ISH 1001 gcatcgctaactccatcctgatcaaattcaaccagatcggttctctgacc 1050 :||||:|.:||||:||:.|:|.|:||.|:|.|||.||||.|.:|.||||. 2 1001 scatcscgractcsatmgtragcmaaatyakccayatcgataytttgacr 1050 ISH 1051 gaaaccctggctgctattaagatggcgaaagacgctggctacactgcagt 1100 ..|||:.|||.|.|.|||:||::|||:.|.|.||::||:||||:.||.:| 2 1051 ayaacsrtggwtcccattwagmwggcrgaygycgyyggmtacayrgctkt 1100 ISH 1101 tatctctcaccgttctggtgaaactgaagatgctaccatcgctgacctgg 1150 ||:||||:.|..|.|:|:|:::.||.:.|||:..:.|||||||.|:|||. 2 1101 tawctctytcrttrckgstrrwcctywggatrtargcatcgctyayctga 1150 ISH 1151 ctgttggtactgctgcaggccagatcaaaacgggttccatgagccgttct 1200 |:::|.||.::.:|||:|..|:||..|..|:|:.:||.::|:||.||||| 2 1151 cykytmgtgsycmtgcmgagcwgarwagtaygkcktctrygmgcggttct 1200 ISH 1201 gaccgtgttgctaaatacaaccagctgattcgtatcgaagaagctctggg 1250 ||..|:|.||||.||||.::||.:|..|||||||:.||||:|||||||.| 2 1201 gagkgkggtgctkaatawmmccgrccyattcgtakggaagragctctgwg 1250 ISH 1251 cgaaaaagcaccgtacaacggtcgtaaagagatcaaaggccaggcataa 1299 |..|.:|||||:.||:||||:.||||:|||.::::.|||::||.||||| 2 1251 cycasragcacyctayaacgkrcgtaragatwwymgaggyyagmcataa 1299 #--------------------------------------- #---------------------------------------