Программа MEME
Задание 1.Поиск мотивов программой MEME
2)
| № мотива | Во всех ли последовательностях он нашёлся | Координаты мотива в моей последовательности | P-value мотива в моей последовательности ( в скобках указано значение , взятое с сайта) | Длина мотива | E-value мотива |
| 1. | да | 85- 134 | 1.33e-56 ( 1.39e-56) | 50 | 1.9e-199 |
| 2. | да | 23-72 | 2.84e-55 (1.00e-54 ) | 50 | 3.2e-192 |
| 3. | да | 174-223 | 9.74e-50 ( 1.70e-49) | 50 | 5.5e-145 |
Задание 2.Сравнение блоков (частичных выравниваний), найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle
Участкок выравнивания гомологив моего белка с выделением найденных программой MEME блоков.Блоки в выравнивании идут в следующем порядке : 2,1,3.
Выравнивание с теми же выделенными блоками , только в GeneDoc
(Мотивы , найденные MEME, полностью выровнены программой muscle ) .
Задание 3.Поиск найденных мотивов в других последовательностях
1) Первый мотив нашелся в 66 последовательностях из 126 ( изначально было 194 последовательности , но программа отобрала последовательности с E-value<10 , поэтому для поиска мотивов было взято 126 последовательностей )
Второй - в 55 из 126
Третий , к сожалению, ни в одной
2) Все мотивы не нашлись ни в одной , первый и второй вместе в 30 последовательностях
3) Выравнивание, взятое из Pfam,не соответствует мотивам.В выравнивании из Pfam имеется большое количество участков с гэпами , т.к. выравнивается не 1 мотив с 1 последовательностью , а 194 последовательности друг с другом.