Множественное выравнивание последовательностей


Задание 1.



Ссылка на всё выравнивание
Это фрагмент множественного выравнивания малых дельта-антигенов, полученный с помощью программы Muscle и импортированный в GeneDoc.

Слева в колонку записаны названия малых дельта-антигенов, чьи последовательности выравниваются. В правой колонке указан номер последней аминокислоты в данной строчке.

Цвета:
       Синим цветом выделины АК в тех столбцах , где процент сходства = 100%
        фиолетовым - где процент сходства >=80%
        зеленым - где процент сходства >= 60%

Обозначения:
       Звездочки - десятки( столбцы выравнивания с неуказанными номерами , кратными 10),
       цифра над столбцом - номер столбца выравнивания,
       большая буква - название остатка АК в столбце со 100% идентичностью,
       маленькая буква - название остатка АК в столбце с процентом идентичности >=80%,
       цифра под столбцом - номер группы сходных остатков АК в столбце со 100%-ым сходством (Это можно увидеть, зайдя в GeneDoc: Project>Configure>Score tables. )

Задание 2.


RNPH_BACSU (P28619) - Bacillus subtilis - мой белок
Гомологи:
RNPH_BRUSU (Q8G2Y5) - отдел Proteobacteria
RNPH_BURA4 (B1YUN3) - отдел Proteobacteria
RNPH_TROWT (Q83FT1) - отдел Actinobacteria
RNPH_MYCA1 (A0QD04) - отдел Actinobacteria
RNPH_CYAA5 (B1WUL8) - отдел Cyanobacteria
RNPH_SYNJB (Q2JKT3) - отдел Cyanobacteria
RNPH_GEOSW (C5D5M7) - род Geobacillus отдела Firmicutes
RNPH_LISMO (Q8Y7N6) - род Listeria отдела Firmicutes
Фрагмент выравнивания


Ссылка на всё выравнивание

участки с повышенной долей консервативных позиций:
координаты по столбцам выравнивания (по остаткам белка)
43-52 (33-42)
67-77 (57-67)
92-109 (82-99)
122-146 (112-136)
174-181 (159-166)
189-196 (174-181)
214-221 (199-206)

участки, не имеющие биологического смысла
координаты по столбцам выравнивания (по остаткам белка)
1-10 (-)
161-169 (151-154)
253-272 (238-245)

группы сходных аминокислот,образующие в выравнивании функционально консервативные позиции
L-V     L-M     V-I     L-I     T-S    F-W     K-R     D-N     I-V-L     Y-F-W     M-I-L

группы , встретившиеся среди функционально консервативных позиций больше всего раз
V-I    L-I     T-S     I-V-L ( самая часто встречающаяся группа V-I)
Фрагмент выравнивания после добавления группы сходных аминокислот D-E

Ссылка на всё выравнивание

новые функционально консервативные позиции не появились ,но в выравнивании произошли следующие изменения:
колонка 55 - увеличился процент сходства , и изменился цвет с зеленого на фиолетовый
колонки 27,149,200,235 - увеличился процент сходства, и появился зеленый цвет

Задание 3.


Cравнение программ mafft и edialign. Mafft выдает только один файл в формате фаста-выравнивания, который потом можно импортировать в GeneDoc, a edialign выдает два файла - один из "текст", который содержит информацию о выравнивании и само выравнивание, а второй - фаста-выравнивание,который можно импортировать в Genedoc . Еще одно различие этих программ состоит в том, что mafft все буквы делает прописными, а edialign - сохраняет строчные буквы, не образующие функционально-консервативных и консервативных позиций. Выравнивания, полученные этими программами различаются.

   

© Алиса Муравьева. Все права защищены.