Паттерны и профили
Задание 1.Создание паттернов аминокислотных последовательностей
Для написания паттернов был взят данный франмент целиком.
Результаты поиска созданных паттернов в PROSITE
| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
| Фрагмент последовательности | QRLIGRALRAVVDLEKLGER | в 4-х (RNPH_BACA2, RNPH_BACLD, RNPH_BACSU , RNPH_BACP2) | не все(из списка белков , взятых для множественного выравнивания , нашелся только мой белок) |
| Сильный | [QS]-R-[LF]-I-G-R-[AS]-[LM]-R-[AS]-[VICA]-[VLIF]-[DN]- [LMRF]-[EYQRAD]-[KAQ]-L-[GE]-[ESP]-[RNKM] |
в 94-х | все |
| Слабый | [QEST]-R-[LFIVM]-I-G-R-[AST]-[LIVM]-R-[ATS]-[VILMCA]-[VLIMF]-[DN]- [LMVIRF]-x-[KAQR]-L-[GEQ]-[ESPQ]-[RNKMD] |
в 198 | все |
Задание 2.Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке RNPH_BACSU
| Идентификатор документа PROSITE (AC) | Название мотива | Краткое описание мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (регулярное выражение) | Специфична ли подпись? | Сколько мотивов нашлось в белке? |
| PS01277 | RIBONUCLEASE_PH | Подпись Рибонуклеазы PH | паттерн | [CA]-[DE]-[LIVM](2)-[NQV]-[GTA]-D-[GA] -[SG]-x(2,3)-[TAVLC]-[AT] |
специфична | 1 |
| PS00006 | CK2_PHOSPHO_SITE | Cайт фосфолирирования казеин киназы II | паттерн | [ST]-x(2)-[DE] | неспецифична | 7 |
| PS00001 | ASN_GLYCOSYLATION | Сайт N-гликозилирования | паттерн | N-{P}-[ST]-{P} | неспецифична | 1 |
| PS00008 | MYRISTYL | Сайт N-миристоилирования | паттерн | G-{EDRKHPFYW}-x(2) -[STAGCN]-{P} |
неспецифична | 5 |
| PS00005 | PKC_PHOSPHO_SITE | Сайт фосфорилирования протеинкиназы С | паттерн | [ST]-x-[RK] | неспецифична | 5 |
Всего найдено 19 участков: 1 из них имеет специфичную подпись, остальные - неспецифичную , причем эти 18 участков относятся к 4 мотивам.