Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.


Задание 1.
Описание доменной архитектуры белка RNPH_BACSU в соответствии с БД Pfam .

Доменная структура белка RNPH_BACSU по данным Pfam
Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме: доменная архитектура моего белка содержит 2 домена из семейства 3'-5'экзорибонуклеаз
№ Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов
с кратким пояснением 		Положение в последовательности белка RNPH_BACSU Клан
1. PF01138 RNase_PH Это семейство включает 3'-5'экзорибонуклеазы, которые удаляют нуклеотидные остатки -CCA конца тРНК, участвуют в деградации мРНК в направлении 3'-5', требуются для 3' процессинга 5.8S рРНК. 10–141 Клан S5 (CL0329) содержит 13 семейств и общее количество доменов в нем - 34572.
2. PF03725 RNase_PH_C Это семейство включает 3'-5'экзорибонуклеазы, которые удаляют нуклеотидные остатки -CCA конца тРНК, участвуют в деградации мРНК в направлении 3'-5', требуются для 3' процессинга 5.8S рРНК. 157–225 не описан

Задание 2. Данные о домене RNase_PH (PF01138)

  • Данный домен входит в 49 различных архитектур
  • Для 6235 белков, содержащих домен, известна последовательность
  • Для 25 разных белков, содержащих домен, определена пространственная структура
  • Выравнивание "seed" фрагментов белков , соответствующих домену.
  • (*) Выравнивание Я считаю данное выравнивание достоверным : по моему мнению, это выравнивание подтверждает гомологичность доменов , т.к. оно содержит гомологичные участки (участок 66-69 содержит 3 функциональноконсервативные колонки,а участок 267-274 содержит 4 функциональноконсервативные колонки и одну с процентом сходства >=60%)

    Задание 3.Представленность доменной архитектура моего белка ( домены :PF01138 и PF03725) в организмах разных видов

    Представленность домена PF01138 в организмах разных видов

    Таксон
    Количество белков с доменом PF01138 .
    Эукариоты Зеленые растения 151
    Грибы 383
    Животные 294
    Остальные эукариоты 205
    Археи 148
    Бактерии 3160
    Вирусы 0
    Данный домен представлен во всех вышеперечисленных таксонах кроме вирусов. Наибольшее число белков, содержащих данный домен, у бактерий.

    Представленность домена PF03725 в организмах разных видов

    Таксон
    Количество белков с доменом PF03725 .
    Эукариоты Зеленые растения 113
    Грибы 115
    Животные 184
    Остальные эукариоты 67
    Археи 148
    Бактерии 3124
    Вирусы 0
    Данный домен представлен во всех вышеперечисленных таксонах кроме вирусов. Наибольшее число белков, содержащих данный домен, у бактерий.
    Вывод: PF01138 более распространен. Оба домена преобладают в бактериях и встречаются преимущественно вместе.

    Задание 4.Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

    Данное задание выполнено только на основании данных , полученных при анализе вышеприведенных схем (диаграмм) , т.к. каждый из доменов в моем белке содержится в >2100 последовательностях, и tree не отображается.

    Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

    № PFAM ID Bacillus subtilis
    1. RNase_PH 4 последовательности в 2 видах : PNP_BACSU и RNPH_BACSU
    2. RNase_PH_C 4 последовательности в 2 видах : PNP_BACSU и RNPH_BACSU
    Более 25 белков имеют такую же доменныю структуру , что и белок RNPH_BACSU ( более точно сказать не могу по вышеуказанным причинам) Интересно, что оба домена содержатся и в моей бактерии Methanothermobacter thermautotrophicus ( 2 последовательности в одном виде).

    Задание 5.Примеры различных доменных перестроек с участием доменов PF03725 и PF01138

    Разрыв в последовательности домена
    ECX2_THEAC
    B8BP86_ORYSI
    Дупликация доменов
    ECX2_PYRAE
    B9IPU8_POPTR
    Взаимодействие доменов
    ECX1_SULTO
    Q6K293_ORYSJ

    Задание 6*. Сравнение описания мотивов в разных БД.



  • самый короткий мотив - RIBONUCLEASE_PH , он описан в БД PROSITE pattern,тип распознающего правила - паттерн
  • самый длинный мотив- PTHR11953 , он описан в БД PANTHER ,тип распознающего правила - профиль
  • структурные подписи, интегрированные в InterPro:
  • границы структурных доменов отличаются от границ доменов Pfam :
    Pfam ID границы доменов InterPro границы доменов Pfam
    RNase_PH 10 - 140 10-141
    RNase_PH_C 159 - 225 157–225



    •    

    © Алиса Муравьева. Все права защищены.