| |
Программы пакета BLAST для работы с нуклеотидными последовательностями
Задание 1.Поиск гомологов белка RNPH_BACSU в геноме бактерии Streptococcus agalactiae
| Число находок с E-value < 0,001 | 1 |
| E-value лучшей находки | 4e-06 |
| Название последовательности с лучшей находкой | embl|AL766844|AL766844 Streptococcus agalactiae NEM316 complete
genome, segment 2 |
| Координаты лучшей находки (от-до) | 79692-80396 |
| Процент последовательности белка, вошедший в выравнивание с лучшей находкой | 99,6% Весь белок, кроме последнего остатка - лизина |
Задание 2.Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTN
| Запись в EMBL с данной последовательностью: | EM_PRO:AB000508 AB000508.1 Comamonas testosteroni DNA for poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase precursor, complete cds. |
| Координаты последовательности в записи: | 851-1030. Последовательность соответствует записи. |
| В поле FT есть кодирующий участок, содержащий данную последовательность : | CDS 191..>1732 |
| Направление относительно записи | прямое, совпадает с направлением заданной последовательности. |
| Кодирует | poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase precursor ( предшественник поли(3-гидроксибутарат)деполимеразы ) |
Задание 3.Поиск гомологов гена программой BLASTN
| Число находок | 7 |
| E-value лучшей находки | 0.031 |
| Название последовательности с лучшей находкой |
embl|AL766855|AL766855 Streptococcus agalactiae NEM316 complete
genome, segment 13 |
| Координаты лучшей находки (от-до) | 67151-67102 |
Сравнение результатов:
Количество находок во втором случае больше,но и E-value больше и длины находок меньше.
|