Геномные браузеры
EnsEMBL
Геномный браузер EnsEMBL – совместный проект EMBL – EBI и Sanger Centre для автоматической аннотации эукариотических геномов.Его структура достаточно понятна. Для удобства ознакомления с сайтом есть обучающий раздел , содержащий ознакомительные и обучающие презентации, учебники и др. полезную информацию.
Основной акцент в Ensembl сделан на геномах хордовых , но есть возможность работы и с геномами растений, грибов, простейших, бактерий и архей.
Для ознакомления с работой браузера был взят участок гена человека HLA-С 673111..673386. На странице сервиса BLAST/BLAT помимо различных способов введения данных ( ввод самой последовательности, указание пути к файлу с ней или указание ее ID в базах данных,при чем можно подавать на вход как днк- код так и аминокислотную последовательность), можно выбрать вид организма для поиска, а также программы поиска последовательностей (BLASTN, TBLASTX и пр.) и базу данных: нуклеотидную или белковую(при чем их несколько видов и не очень понятно , что они обозначают). Кроме того, можно настроить чувствительность поиска в разделе Search sensitivity. В выдаче наглядно продемонстрирована локализация данного фрагмента в кариотипе
Внизу страницы результата представлен список найденных гомологов, рядом с каждым АС имеется ссылки на выравнивание , на последовательность запроса и расположение находки в геноме ,а также на "карту" расположения различных контигов (Contig view). В Contig view наглядно представлено расположение на хромосоме фрагмента размером 1 Mb ,содержащего нашу находку . Кликнув на участок схемы,можно увеличить её масштаб и получить дополнительную информацию о данном участке.
Интересно отметить, что помимо генов , кодирующих белки , РНК генов и т.д. на схеме указаны псевдогены=) И было б интересно узнать, что это за гены и кодируют ли они что-то, и если да, то что?
На следующей схеме, показыващей все транскрипты нашей находки, салатовым цветом обозначена кодирующая ДНК из этого участка из EMBL/NCBI, выровненная с геномом.
Другие браузеры
Браузер Vega : предназначен для размещения результатов проекта "HAVANA" по ручной аннотации геномов позвоночных. Поэтому там так мало геномов и инструментов для работы.
Браузер UCSC : визуализация результатов не такая легкая для восприятия, нет "Help".