Алгоритмы реконструкции деревьев


* Почти на всех деревьях фиолетовой стрелочкой отмечено место правильного укоренения : тривиальная ветвь
{ CLOB1 } vs { BACSU, GEOKA, STAES, LACLM, STRPN, ENTFA, LACAC } .

Укоренение в среднюю точку

С помощью программы retree было укоренено в среднюю точку дерево, построенное по алгоритму neighbor-joining на предыдущем занятии.
Укоренение в среднюю точку нельзя сделать с деревьями, построенными методом максимальной экономии, т.к. этот метод не выдает длин ветвей => нельзя найти среднюю точку. А с деревом, построенным алгоритмом UPGMA не имеет смысла это делать, т.к. программа выдает уже укорененное дерево.

Укоренение произошло в ветвь {BACSU, GEOKA, STAES, CLOB1, LACAC } vs { LACLM, STRPN, ENTFA }.Это неправильное укоренение .Кроме того не очень понятен смысл утолщения на самом левом узле.

Использование внешней группы





Укоренение произошло в тривиальную ветвь { LACAC } vs { LACLM, STRPN, ENTFA, BACSU, GEOKA, STAES, CLOB1 }.
Это неправильное укоренение.

Бутстрэп

            
                          +---------------LACAC
          +---------100.0-|
          |               |       +-------LACLM
          |               +-100.0-|
  +-------|                       +-------STRPN
  |       |
  |       |       +-----------------------GEOKA
  |       |       |
  |       +-100.0-|               +-------CLOB1
  |               |       +--79.0-|
  |               +--99.0-|       +-------BACSU
  |                       |
  |                       +---------------STAES
  |
  +---------------------------------------ENTFA




Species in order: 

  1. ENTFA
  2. GEOKA
  3. STAES
  4. BACSU
  5. CLOB1
  6. STRPN
  7. LACLM
  8. LACAC


Sets included in the consensus tree   ( Ветви, включенные в консенсусное дерево)

Set (species in order)     How many times out of  100.00

.....***                   100.00
.....**.                   100.00
.****...                   100.00
..***...                   99.00
...**...                   79.00


Sets NOT included in consensus tree:  ( Ветви, НЕ включенные в консенсусное дерево)

Set (species in order)     How many times out of  100.00

..*.*...                   17.00
..**....                    3.00
.*.*....                    1.00
.***....                    1.00
Комментарии:
Реконструкция филогении по сравнению с результатом fprotpars на исходном выравнивании не улучшилась (они полностью совпадают).
Топология этого дерева совпалает с правильной только по двум ветвям:
{ BACSU, GEOKA, STAES, CLOB1 } vs { LACLM, STRPN, ENTFA, LACAC }
{ BACSU, GEOKA, STAES, CLOB1, LACAC, ENTFA } vs { LACLM, STRPN }

Ветви, которые есть в дереве, построенном fprotpars, но отсутствуют в правильном:
{ BACSU, CLOB1 } vs { STAES, GEOKA, LACLM, STRPN, ENTFA, LACAC }
{ BACSU, CLOB1, STAES } vs { GEOKA, LACLM, STRPN, ENTFA, LACAC }
{ BACSU, GEOKA, STAES, CLOB1, ENTFA } vs { LACLM, STRPN, LACAC }

Ветви, которые есть в правильном дереве, но отсутствуют в дереве, построенном fprotpars:
{ BACSU, GEOKA } vs { STAES, CLOB1, LACLM, STRPN, ENTFA, LACAC }
{ BACSU, GEOKA, STAES } vs { CLOB1, LACLM, STRPN, ENTFA, LACAC }
{ BACSU, GEOKA, STAES, CLOB1, LACAC } vs { LACLM, STRPN, ENTFA }

*Рассматривались только нетривиальные ветви.

Ветви, не получившие большинства:
{ STAES, CLOB1 } vs { BACSU, GEOKA, LACLM, STRPN, ENTFA, LACAC } ( поддержка 17.00) - ветвь не верна
{ BACSU, STAES } vs { LACLM, STRPN, ENTFA, LACAC, CLOB1, GEOKA } ( поддержка 3.00) - ветвь не верна
{ BACSU, GEOKA } vs { STAES, CLOB1, LACLM, STRPN, ENTFA, LACAC } ( поддержка 1.00) - ветвь верна!
{ BACSU, GEOKA, STAES } vs { CLOB1, LACLM, STRPN, ENTFA, LACAC } ( поддержка 1.00) - ветвь верна!

Выводы: Разные методы предсказания филогенетического дерева по семейству белков IF2 выдают различные результаты, отличные от правильного ( за исключением неукорененного дерева , построенного алгоритмом Neighbor-Joining). Следовательно данное семейство белков не очень подходит для предсказания филогенетического дерева данных видов.
   

© Алиса Муравьева. Все права защищены.