Классификация ферментов (EC)
Сбор информации о ферменте QOR_HUMAN ( Quinone oxidoreductase)
Ссылка на источник ( KEGG )
Катализируемая реакция
Ссылка на источник ( BRENDA )
Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями
Всего нашлось 544 белка мыши(Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых EC=1.*Подклассы совпадают у 33
Подподклассы совпадают у 23
Целиком совпадает - 1
С помощью программой blastp среди белков, найденных в предыдущем пункте, всего нашлось 19 белков, сходных по последовательности с ферментом QOR_HUMAN.(e-value < 1)
14 из них, по моему мнению, можно считать достоверными гомологами, если просмотреть выравнивания и учесть не только E-value, но и размер выравнивания.
Белок E-value EC
QORL2_MOUSE 8,00E-33 1.-.-.-
FAS_MOUSE 3,00E-20 2.3.1.85 2.3.1.38
2.3.1.39 2.3.1.41 1.1.1.100
4.2.1.61 1.3.1.10 3.1.2.14
ZADH2_MOUSE 1,00E-15 1.-.-.-
MECR_MOUSE 2,00E-15 1.3.1.38
PTGR1_MOUSE 1,00E-13 1.3.1.- 1.3.1.48 1.3.1.74
QORL1_MOUSE 2,00E-11 1.-.-.-
ADHX_MOUSE 3,00E-09 1.1.1.1 1.1.1.- 1.1.1.284
ADH1_MOUSE 9,00E-08 1.1.1.1
DHSO_MOUSE 1,00E-07 1.1.1.14
ADH4_MOUSE 2,00E-07 1.1.1.1
ADH7_MOUSE 2,00E-06 1.1.1.1
DR9C7_MOUSE 0.018 1.1.1.-
RDHE2_MOUSE 0.048 1.1.1.105
DHR11_MOUSE 0.16 1.-.-.-
GSHR_MOUSE 0.34 1.8.1.7
DHI1_MOUSE 0.60 1.1.1.146
На основании полученных данных нельзя сделать точный вывод о том,насколько сохраняется функция (т.е. подкласс, подподкласс и порядковый номер EC) в зависимости от позиции находки в выдаче blastp ,т.к. ни у одного фермента из выдачи blastp не совпадает с данным даже подкласс! При этом участи ферментов указан вообще только класс, поэтому нельзя точно сказать о том, что кроме класса у таких ферментов совпадает или не совпадает с данным( для некоторых это можно лишь предположить: у фермента QORL2_MOUSE , скорее всего, с данным совпадает все).Еще интересно отметить, что все остальные ферменты с совпадающим подклассом и даже подподклассом вообще не попали в выдачу blastp с E-value <1, из чего можно предположить,что корреляции между функцией и позицией нсходки в выдаче blastp нет.