Gene Ontology

Описание протеома бактерии Aromatoleum aromaticum, полный геном которой секвенирован и аннотирован, с использованием терминов GO


Выбранная бактерия - Aromatoleum aromaticum
Число белков:
  • согласно Genome statistic - 4483
  • согласно SRS - 4483 (полностью совпало с Genome statistic)
    Количество белков, которым приписан хотя бы один термин GO - 2642 (58,9%)
    Частота встречаемости терминов словарей:

    Чаще всего встречаются термины словаря Function (молекулярная функция), что можно объяснить следующим:
    - большое разнообразие функций по сравнению с биологическими процессами и возможными местами локализации
    - один белок может выполнять несколько различных функций
    - с помощью выравниваний можно достаточно легко предсказать функции белков ( или их доменов)

    10 самых часто встречающихся терминов: 
     GO:0005524	395	F  ATP binding
 GO:0003677	310	F  DNA binding
 GO:0016021	302	C  integral to membrane
 GO:0005737	253	C  cytoplasm
 GO:0046872	156	F  metal ion binding
 GO:0005622	149	C  intracellular
 GO:0016020	142	C  membrane
 GO:0005886	135	C  plasma membrane
 GO:0016491	118	F  oxidoreductase activity
 GO:0006355	115	P  regulation of transcription, DNA-dependent

    Комментарий:

    Самая часто встречающаяся функция - связывание АТФ, т.к.большинство процессов в клетке идут с затратами энегрии => нужны молекулы ATP, поэтому очень многие белки с связываются с ним.

    Самая часто встречающаяся локализация - локализация в мембране, что вполне логично, т.к. мембранных белков в клетке, действительно, очень много.

    Самый часто встречающийся процесс - регуляция транскрипции, т.к. транскрипция - один из самых сложных внутриклеточных процессов, поэтому множество разнообразных белков задействовано в ее регуляции.

    Skript

    Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией

    Таксон - Томат ( лат. Solanum lycopersicum, англ. Tomato)
    • Таксономия: cellular organisms; Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Streptophytina; Embryophyta; Tracheophyta; Euphyllophyta; Spermatophyta; Magnoliophyta; eudicotyledons; core eudicotyledons; asterids; lamiids; Solanales; Solanaceae; Solanoideae; Solaneae; Solanum; Lycopersicon
    • Taxonomy ID : 4081
    • Rank : species
    Функция - Карбоксилирование ( Carboxylation)
    • Выбранный GO ID: GO:0018214 (protein carboxylation) - Biological Process
    • Строка запроса в SRS: ([uniprot-NCBI_TaxId:4081*] > ([uniprot-DbName:GO*] & [uniprot-DBxref:GO:0018214*]))
    • К сожалению, находок 0 , поэтому я взяла другую функцию:
    Функция - Связывание АТФ ( The binding of ATP)
    • Выбранный GO ID: GO:0005524 ( ATP binding) - Molecular Function
    • Строка запроса в SRS: ([uniprot-NCBI_TaxId:4081*] > ([uniprot-DbName:GO*] & [uniprot-DBxref:GO:0005524*]))
    • Находки: 234 (Посмотреть)



    •    

    © Алиса Муравьева. Все права защищены.