Эволюция доменной архитектуры
Филогенетическое дерево
Дерево было построено с помощью алгоритма Neighbour joining в Jalview.Скобочная формула дерева:
По дереву видно, что оно поделилось на 2 большие ветви согласно своей архитектуре.
Таким образом, выровненные последовательности все же можно поделить согласно их принадлежности к архитектуре .
Построение профиля для данных групп
Были построены профили для групп архитектур. Были построены графики зависимости ошибок первого и второго рода от порогового значения:
Профиль 1
Профиль 2
На мой взгляд, наилучший порог для 1 архитектуры 26.16, для 2 - 14.65.
| Номер архитектуры | FP | TN | FN | TP | Пороговый score | Чувствительность | Специфичность |
| 1 | 19 | 1 | 0 | 16 | 26.16 | 0.9411 | 1 |
| 2 | 1 | 15 | 0 | 19 | 14.65 | 1 | 0.9375 |
Поиск при помощи полученных профилей по банку SwissProt
В случае архитектуры 1 нашлось 183 последовательностей до выбранного порогового значения. 7 из них не имют одного из доменов архитектуры 1 (-ECH). На самом деле, видимо, в данных белках он просто не проаннотирован. Остальные верные. Не входящих в мое выравнивание : все. По-видимому, можно снижать пороговое значение.
В случае архитектуры 2 нашлось 12 последовательностей. 3 из них имеют архитектуру 1, 9 - 2 архитектуру. Не входящих в мое выравнивание : 7. 2 из не входящих в выравнивание архитектуры 1.
Вывод: могу сказать, что построение профилей прошло успешно. Профиль для архитектуры 1 эффективней при поиске, чем профиль 2 архитектуры. Тот факт, что в случае поиска по профилю архитектуры 2 нашлись последовательности 1 архитектуры, объясняется схожестью строения архитектур (все-таки домены, входящие в их состав одни и те же.) Собственно, по высчитанным ранее чувствительности и специфичности для данных пороговых значениях, строгость второго профиля уступает первому.
Представителей с доменными архитектурами, не 1 и не 2, не нашлось вообще. => Хорошие профили.