| |
Точечные заряды и VdW параметры
Суть задания состояла в расчёте точечных зарядов на атомах этана.
Был построен файла топологии, содержащий описание ковалентных
и нековалентных взаимодействий. С помощью расчёта энтальпии испарения были
найдены оптимальные параметры для описания Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий.
- С помощью програмы babel создала *.pdb файл этана из результатов оптимизации
прошлого практикума (et.log):
babel et.log et.pdb
et.pdb
С помощью скрипта Ante_RED.pl подготовила pdb файл(et-out.pdb).
Переименовала p2n файл вMol_red1.p2n. Запустила RED:
RED-vIII.4.pl
Результат появился в папке Data-RED (файл Mol_m1-o1.mol2 с координатами атомов и зарядами).
- Создала файл описания молекулы в формате пакета программ GROMACS.
(et.top)
- C помощью скрипта и файлов: (md.mdp,
box_g.gro и box_l.gro)
было получено 7 топологий с разными значениями epsilon, проведена
молекулярная динамика для каждой системы с каждым файлом топологии
и посчитаны значения энергии для каждого значения epsilon водорода.
Из таблицы видно, что в значение энтальпии
больший вклад вносят VdW взаимодействия.
Так как экспериментальное значение энтальпии испарения 5.4 kJ/mol при Т=25 С,
можно предположить, что значение epsilon лежит в пределах от 0,00462 до 0,00291.
| |