Подготовка файла координат и файла топологии
make_ndx -f box_38.gro -o 1.ndx editconf -f box_38.gro -o et1.gro -n 1.ndx editconf -f et1.gro -o et.gro -d 2 -cВ результате получился файл et.gro
Данные файлы с разными параметрами контроля температуры:
be.mdp - метод Берендсена для контроля температуры.
vr.mdp - метод "Velocity rescale" для контроля температуры.
nh.mdp - метод Нуза-Хувера для контроля температуры.
an.mdp - метод Андерсена для контроля температуры.
sd.mdp - метод стохастической молекулярной динамики.
Для дальнейшей работы использовался Скрипт
Полученные pdb файлы:
et_an.pdb В этом файле видно колебание только водородных атомов.
et_be.pdb Показано вращение воородных атомов вокруг углерода, а также вращение всей молекулы вокруг оси.
et_nh.pdb Здесь можно видеть только вращение атомов водорода вокруг углерода.
et_sd.pdb В данном случае мы можем наблюдать достаточно хаотичное движение атомов и молекулы вцелом.
et_vr.pdb В этом файле также показано вращение водородов вокруг углеродов. Молекула вращается в пространстве, но только вдоль одной оси.
Сравнение потенциальной и кинетической энергии
Для сравнения потенциальной и кинетической энергии была использована команда
g_energy -f et_${i}.edr -o et_${i}_en.xvg
А с помощью команд
set datafile commentschars "#@&" plot "./et_be_en.xvg" using 1:2, "./et_be_en.xvg" using 1:3 .... plot "./et_sd_en.xvg" using 1:2, "./et_sd_en.xvg" using 1:3были построены графики распределения энергии в виде dot-plot:
метод Андерсена |
метод Берендсена |
метод Нуза-Хувера |
метод стохастической молекулярной динамики  |
метод "Velocity rescale" |
Распределение длинны связи С-С за время моделирования
С использованием файла b.ndx были проанализированы связи
g_bond -f et_${i}.trr -s et_${i}.tpr -o bond_${i}.xvg -n b.ndx
и построены графики распределения длин связи в виде boxes:
метод Андерсена |
метод Берендсена |
метод Нуза-Хувера |
метод стохастической молекулярной динамики  |
метод "Velocity rescale" |
Из приведенных графиков на распределение Больцмана больше всего похож график распределения связи, полученный методом Velocity rescale, кроме того при его использовании замечательно видно вращение в pdb-файле.Поэтому лучшим, на мой взгляд,из приведенных выше методов для контроля температуры является "Velocity rescale" .