Визуализация молекулы 3RVQ в JSMol

Ссылка на скрипт JSMol

Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре

#

Атомы

Длина связи (Å)

Угол N-H-O (°)

Альфа-спираль

1

N(21VAL) - O(17MET)

2.97

164.4

2

N(23ASN) - O(19ARG)

2.91

161.0

3

N(27GLU) - O(23ASN)

3.08

150.0

Бета-складка

1

N(11VAL)- O(55ILE)

2.88

162.6

2

N(55ILE)- O(9LEU)

2.88

164.8

3

N(9LEU)- O(53PHE)

2.96

154.9

Проанализированные примеры водородной связи в молекуле белка согласуются с теоретическими значениями длины водородной связи и N-H-O-угла. Cреднее расстояние между атомами азота и кислорода (2.9467Å) попадает в диапазон 2,5Å - 3,2Å. Cредние значение уголов N-H-O (159.6167°) также попадает в интервал допустимых значений 135° - 180°. Таким образом, параметры водородных связей в исследованных элементах вторичной структуры являются типичными для белков.

Белок найден у Escherichia coli (strain K12)

Источники:

Professor David A. Evans group seminar on Noncovalent interactions: An Introduction to Hydrogen Bonding (2009)

PDB description of 3RVQ

Вернуться на главную страницу