В таблице 1 приведены данные о парном глобальном и о парном локальном выравнии гомологичных и негомологичных пар белков. Сравнив результаты, видно, что гомологичные пары отличаются от негомологичных большим количеством очков (score), более высокими процентом одинаковых и схожих аминокислот. Так же видно, что в глобальном выравнивании количество пропусков у гомологичных пар много меньше, в локальном выравнивании такой большой разницы не наблюдается, однако в локальном выравнивании негомологичных белков, хотя бы у одного из белков процент покрытия сильно ниже, чем в среднем у гомологичных.
Участок выравнивания представлен на рис.1 (Гобальное и локальное выравнивания). Глобальное и локальное выравнивания у гомологичных белков схожи.
рис.1
рис.2
Множественное выравнивание не вычленило консервативный участок IVMHGSS, а он довольно похож в обеих последовательностях.
Различие между локальным и глобальным выравниваниями. В выбранных последовательностях water и needle различаются только на концах, из чего следует, что последовательности достаточно близкие.
Как видно из картинки, парные выравнивания (needle и water) схожи, потому что алгоритмы используют одну и ту же матрицу замен. Множественное выравнивание помогает определить консервативные участки за счёт большого количества последовательностей.