Знакомство с UniProt.
Краткая информаця о белке, описание кластеров и проведние сеансов поиска.
Получение информации о белке CAJ92693.1
Таблица 1 была получена в ходе изучения данного файла.
| UniProt ID | OTNK_CUPNH |
|---|---|
| UniProt AC | Q0KBC8 |
| Название белка | 3-dehydrotetronate 4-kinase |
| RefSeq ID | WP_011615151.1 |
| PDB ID | 5DMH |
| Длина белка (а.о.) | 432 |
| Молекулярная масса (Да) | 44532 |
| Рекомендуемое название | 3-oxo-tetronate kinase |
В поле DE представлено рекомендуемое название, в поле DR – идентификаторы PDB и RefSeq, в поле SQ – длина аминокислотных остатков и молекулярная масса.
Поиск белка Q0KBC8 в UniRef
Данные о кластерах, содержащих белок Q0KBC8, были получены поиском по базе данных UniRef в составе UniProt. Данные об ID, названиях и размерах кластеров приведены в таблице 2
| UniRef100 | UniRef90 | UniRef50 | |
|---|---|---|---|
| ID кластера | UniRef100_Q0KBC8 | UniRef90_Q0KBC8 | UniRef50_Q0KBC8 |
| Название кластера | 3-oxo-tetronate kinase 100% | 3-oxo-tetronate kinase 90% | 3-oxo-tetronate kinase 50% |
| Размер кластера | 2 | 40 | 1960 |
Наиболее простой способ найти информацию о кластерах - ввести идентификатор UniProt AC в поисковоую строку UniRef.
Сеансы поиска в UniProt
С помощью функции поиска в базе данных UniProt был проведён поиск информации о белковых соединениях. Результаты сеансов поиска приведены ниже.
Поиск 3-оксотетронаткиназы
-
Поиск по рекомендуемому названию
Текст запроса: "3 oxo tetronate kinase"
Количество находок в Swiss-Prot: 11
Общее количество находок: 144
-
Поиск по рекомендуемому названию среди Cupriavidus Necator
Текст запроса: "name:"3 oxo tetronate kinase" organism:"cupriavidus necator""
Количество находок в Swiss-Prot: 1
Общее количество находок: 1
-
Поиск по рекомендуемому названию среди представителей Burkholderiaceae
Текст запроса: "name:"3 oxo tetronate kinase" taxonomy:burkholderiaceae"
Количество находок в Swiss-Prot: 2
Общее количество находок: 2
-
Поиск по рекомендуемому названию среди представителей Burkholderiales
Текст запроса: "name:"3 oxo tetronate kinase" taxonomy:burkholderiales"
Количество находок в Swiss-Prot: 2
Общее количество находок: 2
Поиск гистонов
-
Поиск по слову "histone"
Текст запроса: "name:histone"
Количество находок в Swiss-Prot: 2082
Общее количество находок: 152663
-
Поиск гистонов у представителей царства Viridiplantae
Текст запроса: "name:histone taxonomy:viridiplantae"
Количество находок в Swiss-Prot: 332
Общее количество находок: 15061
-
Поиск гистонов у представителей отдела Phaeophyceae
Текст запроса: "name:histone taxonomy:phaeophyceae"
Количество находок в Swiss-Prot: 0
Общее количество находок: 37
Поиск трипсинов
-
Поиск по слову "трипсин"
Текст запроса: "name:trypsin"
Количество находок в Swiss-Prot: 312
Общее количество находок: 23018
-
Поиск трипсинов, исключая их ингибиторы
Текст запроса: "name:trypsin NOT name:inhibitor"
Количество находок в Swiss-Prot: 101
Общее количество находок: 18270
Благодаря специальному синтаксису запросов системы поиска UniProt можно с лёгкостью сортировать искомые данные.