C помощью пакета EMBOSS и команд Bash были собраны некоторые данные по протеомам бактерий Escherichia coli K-12 и Cupriavidus necator H-16. Для этого использовались скачанные в fasta-формате протеомы из базы данных Uniprot. Подсчет числа последовательностей производился командой grep '>' CuNe(EsCo).fasta | wc -l , число аминокислот было получено как результат работы скрипта на Python
-Идентификатор протеома: UP000008210
-Число последовательностей: 6614
-Число аминокислот: 2157412
-Идентификатор протеома: UP000000625
-Число последовательностей: 4352
-Число аминокислот: 1353354
| АК остаток | Процент содержания у Cupriavidus necator | Процент содержания у Escherichia coli | Разность |
|---|---|---|---|
| A | 13.368 | 9.507 | 3.861 |
| L | 10.511 | 10.676 | -0.165 |
| G | 8.512 | 7.366 | 1.146 |
| V | 7.629 | 7.07 | 0.559 |
| R | 7.309 | 5.521 | 1.788 |
| P | 5.451 | 4.429 | 1.022 |
| D | 5.223 | 5.147 | 0.076 |
| S | 5.136 | 5.799 | -0.663 |
| T | 5.133 | 5.395 | -0.262 |
| E | 5.131 | 5.762 | -0.631 |
| I | 4.344 | 6.012 | -1.668 |
| Q | 3.838 | 4.443 | -0.605 |
| F | 3.436 | 3.894 | -0.458 |
| K | 2.85 | 4.407 | -1.557 |
| N | 2.53 | 3.938 | -1.408 |
| M | 2.529 | 2.825 | -0.296 |
| Y | 2.375 | 2.845 | -0.47 |
| H | 2.303 | 2.269 | 0.034 |
| W | 1.39 | 1.532 | -0.142 |
| C | 1.0 | 1.162 | -0.162 |
Наиболее часто встречающиеся остатки АК у Cupriavidus necator H-16:
A(13.368%), L(10.511%), G(8.512%)
Наиболее часто встречающиеся остатки АК у Escherichia coli K-12:
L(10.676%), A(9.507%), G(7.366%)