![[DT]20:B](images/pr2task2.1.1.PNG)
![[DT]20:B](images/pr2task2.1.2.PNG)
| |
|
Расположение тимина [DT]20:B
![[DT]20:B](images/pr2task2.2.PNG)
В сторону большой бороздки обращены:C(O)4, C5, C6, C7
В сторону малой бороздки обращены:C(O)2, N3
| A-форма (3v9d) | B-форма (1bna) | Z-форма (1tne) | |
| Тип спирали (правая или левая) | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 29.19 | 30.08 | 43.50 |
| Число оснований на виток | 12 | 11 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 19.40 [DC]4:A.P - [DC]10:B.P | 18.01 [DG]4:A.P - [DG]22:B.P | 8.19 [8MG]4:A.P - [DG]12:B.P |
| Ширина малой бороздки | 19.26 [DG]12:A.P - [DC]2:B.P | 17.72 [DG]16:B.P - [DG]10:A.P | 15.72 [DC]3:A.P - [DC]9:B.P |
Экспериментальный участок Z-формы слишком короткий для измерений, поэтому был достроен для корректнотсти результатов.
Таблица торсионных углов тРНК (pdb_id = "1gts"; таблица 1)
Сравнив данные таблицы 1 со значениями торсионных углов A-, B- и Z-форм ДНК, можно сделать вывод, что данная тРНК по вторичной структуре больше похожа на А-форму ДНК.
Стебли:
(2-7)I - (71-66)II
(10-12)I - (25-23)II
(37-44)I - (33-26)II
(49-54)I - (65-61)II
рис.1 Пример стебля (со 2 по 7 нуклеотиды)
Всего в структуре найдено 28 водородных связей между основаниями, из них 8 - неканонические (рис.2).
рис.2 Замечание относится к таблице, в которой представлены водородные связи (рис.1)
Полную версию таблицы можно найти в данном файле
Также среди найденных водородных связей есть одиночные, не входящие в состав стеблей. Такие пары могут помогать поддерживать третичную структуру.