Вид - Pantherophis guttatus (Полоз маисовый)
Краткое описание - в длину могут достигать 1,2—1,5 метров. В окраске наблюдается большое разнообразие, поэтому таких змей часто заводят в качестве домашних животных. Естественная окраска оранжевая с чёрными полосами и красными пятнами. Брюхо имеет сетчатый бело-чёрный рисунок
К сожалению, пока что существует всего лишь одна доступная сборка
| Название сборки | PanGut1.0 |
| AC из GenBank | GCA_001185365.1 |
| Уровень сборки | Scaffold |
| Общая длина | 1,404,220,341 |
| Число контигов | 1,320,171 |
| Число скэффолдов | 883,920 |
| N50 для контигов | 2,394 |
| L50 для контигов | 138,295 |
| N50 для скэффолдов | 4,315 |
| L50 для скэффолдов | 78,031 |
| Число аннотированных белков |
Ссылка на описание проекта - GCA_001185365.1/
Ссылка на один из файлов с контигом - JTLQ01000002.1
Текст запроса: "Siphoviridae"[Organism] AND ("90000"[SLEN] : "100000"[SLEN]) AND (complete[All Fields] AND genome[All Fields])
Всего было 43 находки: 14 из RefSeq (NCBI) и 29 из GenBank
| AC нуклеотидной записи | MK524501.1 |
| Название | Gordonia phage BrutonGaster |
| TaxID | 2530116 |
| Тип генома | Кольцевая ds-DNA |
| Хозяин вируса | Gordonia terrae 3612 (бактерия) |
Получение кодирующей последовательности (CDS): Send to -> Coding Sequences -> File. Fasta-файл - JTLQ01000002.1
| Ключ | Значение | Пример |
| CDS | кодирующая последовательность | FEATURE Location/Qualifiers
CDS 23..400
/product="alcohol dehydrogenase"
/gene="adhI"
|
| Последовательность 23..400 имеет своим продуктом алкогольдегидрогеназу и кодируется геном "adhI". Ключ координат кодирующей последовательности гена, которая соответствует аминокислотной последовательности в белке. Спецификаторы этого ключа часто указывают на название гена, кодируемого белка, его функции и др. | ||
| mRNA | информационная РНК | FEATURE Location/Qualifiers
mRNA join(10..567,789..1320)
/gene="ubc42" |
| Информационная РНК, включающая нетранслируемый 5' участок (5'UTR), кодирующие участки (CDS, exon) и 3' нетранслируемый участок (3'UTR); | ||
| tRNA | зрелая транспортная РНК | FEATURE Location/Qualifiers
tRNA 655..730
/gene="tRNA-Leu(UUR)"
/anticodon=(pos:678..680,aa:Leu,seq:taa)
/product="transfer RNA-Leu(UUR)" |
| Ключ, содержащий координаты кодирующей тРНК последовательности. Обычно в ключе указывается позиция антикодона в этой последовательности и аминокислота, которую несет конкретная тРНК. | regulatory | любой участок последовательности, принимающий участие в транскрипции, трансляции, рипликации или упаковке хроматина. |
FEATURE Location/Qualifiers
regulatory <1..9
/gene="ubc42"
/regulatory_class="promoter" |
| Ключ - идентификатор участков последовательности, вовлеченных в регуляцию транскрипции или трансляции. Обязательный спецификатор: /regulatory_class="TYPE". | ||
| source | биологический источник образца | FEATURES Location/Qualifiers
source 1..574052
/organism="Cynoglossus semilaevis"
/mol_type="genomic DNA"
/isolate="Cse_v1.0"
/db_xref="taxon:244447"
/chromosome="6"
/tissue_type="blood"
/country="China"
/collection_date="Sep-2009" |
| Source -обязательный ключ.
В классификаторах этого ключа содержится информация о получении образца (где, как, когда и т.д.) |
||
| V_region | участки легких и тяжелых цепей иммуноглобулинов | FEATURES Location/Qualifiers
V_region 1..277
/gene="VFM1"
/product="immunoglobulin heavy chain variable region" |
| Вариабельные участки легких и тяжелых цепей иммуноглобулинов, α, β и γ-цепей Т-клеточных рецепторов. | ||
| sig_peptid | кодирующая последовательность сигнального пептида | FEATURES Location/Qualifiers
sig_peptide 1..54
/gene="TCR1A" |
| Указывает координаты кодирующей последовательности сигнального пептида. | ||