Практикум №9

EMBOSS: пакет программ для анализа последовательностей №2

Задание №4. Parser_gb.sh

Описание: по данному аннотированному файлу в формате .gb (из GenBank или RefSeq) создаёт с кодирующими последовательностями в формате fasta, добавив в описание каждой последовательности функцию белка (из поля product)

Ссылка на скрипт: parser_gb.sh

Пример использования:

 fp.delta@kodomo:~/public_html/term3/somefiles/pr9$ bash parser_gb.sh jacea.gb out1.fasta 
 fp.delta@kodomo:~/public_html/term3/somefiles/pr9$ 

Входящий файл: jacea.gb

Выходящий файл: out1.fasta

Вернуться на главную страницу