Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
sp|Q891J8|CLPX_CLOTE ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub... 538 0.0
sp|Q2RL30|CLPX_MOOTA ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub... 533 0.0
sp|P50866|CLPX_BACSU ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub... 516 0.0
sp|Q8Y7K9|CLPX_LISMO ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub... 511 1e-179
sp|Q833M7|CLPX_ENTFA ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub... 498 2e-174
sp|P63791|CLPX_STRPN ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub... 486 4e-170
tr|Q5FKR6|Q5FKR6_LACAC ATP-dependent Clp protease ATP-binding s... 484 3e-169
sp|P39778|CLPY_BACSU ATP-dependent protease ATPase subunit ClpY... 106 2e-25
sp|Q834K4|HSLU_ENTFA ATP-dependent protease ATPase subunit HslU... 103 3e-24
sp|Q5FKD8|HSLU_LACAC ATP-dependent protease ATPase subunit HslU... 101 1e-23
tr|Q2RJP5|Q2RJP5_MOOTA ATP-dependent protease ATPase subunit Hs... 100 4e-23
sp|Q8Y7J8|HSLU_LISMO ATP-dependent protease ATPase subunit HslU... 99.8 6e-23
tr|Q8Y8B1|Q8Y8B1_LISMO UVR domain-containing protein OS=Listeri... 60.5 5e-10
sp|O31673|CLPE_BACSU ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub... 56.2 1e-08
tr|M4YZ72|M4YZ72_STREQ Negative regulator of genetic competence... 52.0 3e-07
tr|Q2RLR4|Q2RLR4_MOOTA AAA domain-containing protein OS=Moorell... 50.1 6e-07
tr|A0A0H2USJ7|A0A0H2USJ7_STRPN ATP-dependent Clp protease, ATP-... 50.4 7e-07
tr|Q5FHW6|Q5FHW6_LACAC UVR domain-containing protein OS=Lactoba... 48.9 2e-06
tr|Q2RLP6|Q2RLP6_MOOTA AAA domain-containing protein OS=Moorell... 48.5 2e-06
tr|M4YWY5|M4YWY5_STREQ Sigma-54 factor interaction domain-conta... 47.8 5e-06
tr|M4YVJ8|M4YVJ8_STREQ ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ... 47.8 5e-06
tr|Q891B9|Q891B9_CLOTE ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ... 47.8 5e-06
tr|Q899H3|Q899H3_CLOTE ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ... 46.6 1e-05
sp|O69076|FTSH_STRPN ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH OS... 46.2 1e-05
tr|Q895L6|Q895L6_CLOTE AAA domain-containing protein OS=Clostri... 43.5 1e-04
tr|Q2RM95|Q2RM95_MOOTA ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ... 43.1 1e-04
tr|Q8YAC6|Q8YAC6_LISMO ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ... 43.1 2e-04
tr|Q898D1|Q898D1_CLOTE AAA domain-containing protein OS=Clostri... 42.7 2e-04
tr|Q5FMA3|Q5FMA3_LACAC ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ... 42.4 2e-04
tr|Q839B1|Q839B1_ENTFA ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ... 41.6 4e-04
sp|P37476|FTSH_BACSU ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH OS... 40.8 6e-04
tr|Q2RJJ8|Q2RJJ8_MOOTA AAA domain-containing protein OS=Moorell... 40.4 9e-04
Реконструкция проводилась в программе MEGA-X методом Neighbor-Joining. Предварительно в MEGA-X было выполнено выравнивание последовательностей (алгоритм Muscle)
В результате было получено дерево в Newick-формате: nj_pr4.nwk
Гомологичные белки называются ортологами, если они из разных организмов и разделение их общего предка произошло в результате видообразования
Гомологичные белки из одного организма называются паралогами
| Паралоги | Ортологи |
| FTSH BACSU и CLPE BACSU | CLPX BACSU и CLPX LISMO |
| Q2RJJ8 MOOTA и CLPX MOOTA | HSLU ENTFA и HSLU LACAC |
| HSLU ENTFA и Q839B1 ENTFA | CLPX ENTFA и CLPX STRPN |
Были выделены ортологичные группы
Затем ортологичные группы были "схлопнуты" и надписаны
Group 1: CLPX - BACSU, LISMO, MOOTA, CLOTE, ENTFA, STRPN; Q5FKR6 - LACAC
Group 2: HSLU - ENTFA, LACAC, LISMO; CLPY - BACSU; Q2RJP5 - MOOTA
Group 3: Different rthologs - STREQ, STRPN, LISMO, BACSU, LACAC
Group 4: Different orthologs - ENTFA, LACAC, STREQ, STRPN
Построенная филогения белков в целом соответсвует филогенетическому дереву бактерий из 1 практикума
CLPX - АТФ-связывающие субъединицы ClpX протеазы Clp, один из белков из TrEMBL. Для группы 1 филогения белков частично соответствует исхоному дереву бактерий (различие в CLPX ENTFA и CLPX STRPN)
HSLU — АТФазные субъединицы протеаз. Филогения белков 2 группы соответствует исхоному дереву бактерий
Филогения белков 3 группы также похожа на исходное дерево бактерий
FTSH — цинковая металлопротеаза. Филогения белков 4 группы соответствует исхоному дереву бактерий