Для изучения работы программы PyMOL был взят метаботропный рецептора глутамата 2 (pdb_id = 4xas)
На странице PDB изучаемого белка удалось найти один лиганд - 40H, являющийся селективным агонистом. Лиганд располагается внутри, окружён альфа-спиралями и бета-скалдками.
На рис.1 показан лиганд в активном центре белка (цепь А).
рис.1
Я выделил 6 предположительных водородных связей (по 1 связи с SER-145, THR-168, ASP-295, LYS-377 и 2 связи с ARG-61). Водородные связи показаны жёлтым пунктиром (рис.1)
Сессию в PyMOL можно посмотреть по ссылке