Изучал сахар-связывающий белок (pdb_id 7be3). В первом задании (вариант В) был задан остаток ARG-144, требовалось рассмотреть два альтлока.
На рис.1 и рис.2 представлены 2 различные конформации ARG-144 (атомы C окрашены в зелёный).
Рис.1 ARG-144, конформация А
Рис.2 ARG-144, конформация В
Первая версия:
На первый взгляд кажется, что конформация В может быть более стабильной, поскольку в ней больше водородных связей, поддерживающих данную структуру.
Но это не совсем так. Во-первых, я не очень уверен в водородной связи с ASN-160 (рис.2). Во-вторых, у ARG-144 в обоих случаях не очень много водородных связей, фиксирующих его пространственное расположение (можно сравнить с ARG-162, рис.1).
Поэтому предполагаю, что нельзя выделить более стабильную структуру.
Вторая версия:
При конформации А ARG-144 расположен 'линейно', аналогично ARG-162 (рис.1). В случае конформации B ARG-144 расположен под углом (рис.2), что, возможно, менее естетвенно и реже встречается.
В таком случае можно было бы утверждать, что конформация А более стабильная.
Итог:
Изучив pdb-файл, можно сделать вывод, что конформация А встречается несколько чаще (56,4%), чем конформация В (43,6%).
Во втором задании требовалось окрасить сначала остов, а затем и весь белок по В-фактору, выделить наиболее подвижный (ярко-красный) участок.
В-фактор позволяет оценить меру отклонения позиции атома от среднего положения по всем ячейкам, что говорит о подвижность данного участка.
Рис.3 Окраска остова по В-фактору
Затем по В-факотру был окрашен весь белок и выделен наиболее подвижный участок - ARG-183 (рис.4-рис.7).
На первом уровне подрезки (рис.4) ЭП покрывает только синий участок ARG-183 - наименее подвижный. Красная (наиболее подвижная) часть ARG-183 не покрывается ЭП вообще.
С увеличением уровня подрезки (рис.5-6) ЭП всё меньше покрывает ARG-183. Значение carve во всех случаях равно 2.2. При увеличении значения carve появляется ЭП других остатков.
На рис.7 показано расположение ARG-183, этот остаток находится на внешней стороне молекулы, возможно из-за этого он настолько подвижен.
Попробовал разные значения отсечки от 5 до 12, во всех случая получал 15 молекул. Но с некоторыми субъединицами прямого контакта нет, поэтому после обработки остаются 9 молекул (рис.7). Синим окрашена центральная молекула.
Рис.7 Cartoon
Рис.8 Surface
Просто ради интереса - рендер поверхности и картона за 4 сек.