"A- и В- формы ДНК. Структура РНК"

№1

Были построены модели структур A-, B- и Z-формы ДНК. Соответствующие структуры вы можете получить, перейдя по ссылкам, что ниже:

А-форма ДНК В-форма ДНК Z-форма ДНК

№2

Упр.1.

Результаты работы с разными структурами ДНК в Rasmol
	На данном рисунке представлены 2 цепи А-ДНК, а-цепь зелёная, b-цепь красная
	На данном рисунке представлены нуклеотиды, А-ДНК
	На данном рисунке представлены аденины, А-ДНК
	На данном рисунке изображены гуанины и соответствующий атом N-7, А-ДНК
	На данном рисунке представлены 2 цепи B-ДНК, а-цепь зелёная, b-цепь красная
	На данном рисунке представлены нуклеотиды, B-ДНК
	На данном рисунке представлены аденины, B-ДНК
	На данном рисунке изображены гуанины и соответствующий атом N-7, B-ДНК
	На данном рисунке представлены нуклеотиды, Z-ДНК
	На данном рисунке представлены нуклеотиды, Z-ДНК
	На данном рисунке изображены гуанины и соответствующий атом N-7, Z-ДНК

Упр.2.

Привожу полученные мною файлы из PDB

тРНК ДНК

Упр.3.

Здесь представлены вашему внимания изображения полученных структур. На мой взгляд, разрывы присутствуют только в тРНК, так как имеются отрывочные и как бы "свободные" нуклеотиды. В ДНК разрывов нет.

	На данном рисунке представлена структура тРНК
	На данном рисунке представлена структура ДНК

№3

Упр.1.

Упр.2.

	А-форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали (правая или левая)	Правая	Левая	Левая
Шаг спирали (A)	28,03	33,75	43,5
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки	16,97(T11A.P-G33B.P)	17,91(A6A.P-T31B.P)	23,31(C10A.P-C46B.P)
Ширина малой бороздки	9.63(T11A.P-T23.B)	13,20(A6A.P-C40B.P)	20,07(C10A.P-C58B.P)

Упр.3.

Торсионные углы измерялись у 30 аденина, лежащим между 29 гуанином и 31 тимином.

	α P-O5'	β O5'-C5'	γ C5'-C4'	σ C4'-C3'	ε C3'-O3'	ζ O3'-P	χ C1'-N
A-DNA	-51,70	174,80	41,67	79,14	-147,78	-75,12	-157,23
A-DNA (презентация)	-62	173	52	88,3	178	-50	-160
B-DNA	-29,87	136,38	31,10	143,42	-140,77	-160,52	-97,99
B-DNA (презентация)	-63	171	54	123 131	155	-90	-117

№4

Упр.1.

По этим ссылкам можно перейти на соответствующие торсионные углы для данных форм ДНК. Значения торсионных углов для А- и В-форм ДНК совпадают с теми, которые я сам посчитал.

А-форма ДНК В-форма ДНК Z-форма ДНК

Торсионные углы РНК в формате Excel. На мой взгляд, они схожи с углами А-форме ДНК.

Торсионные углы ДНК в формате Excel.

Упр.2.

Чтобы определить возможные водородные связи между азотистыми основаниями я использовал программу find_pair.

Акцепторный стебель состоит из участка 902-907 и комплементарного ему участка 971-966.

T-стебель состоит из участка 949-953 и комплементарного ему участка 965-961.

D-стебель состоит из участка 910-913 и комплементарного ему участка 925-922.

Антикодоновый стебель состоит из участка 927-931 и комплементарного ему участка 943-939.

Неканонические пары:

(0.005) B:.955_:[..U]Ux**+xG[..G]:.918_:B (0.009)

(0.008) B:.944_:[..A]Ax*---A[..A]:.926_:B (0.015)

(0.012) B:.913_:[..A]A-**+xG[..G]:.946_:B (0.008)

(0.006) B:.914_:[..A]A-*--xA[..A]:.921_:B (0.008)

(0.015) B:.915_:[..G]Gx**+xU[..U]:.948_:B (0.012)

Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру:

(0.029) B:.919_:[..G]G-----C[..C]:.956_:B (0.012)

Упр.3.

Стекинг-взаимодействия:

(0.005) B:.951_:[..A]A-----U[..U]:.963_:B (0.004)

(0.008) B:.950_:[..G]G-----C[..C]:.964_:B (0.004)