Описание PDB файла

     

Пространственная структура GLSA1_BACSU

Заголовок структуры:
HYDROLASE
Название структуры:
CRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS SUBTILIS PROBABLE GLUTAMINASE, APC1040
В документе представлены следующие цепи макромолекул:
 
Идентификатор цепи Число остатковНазвание молекулыКомментарии
 цепь А 330 GLUTAMINASE  В Rasmol начало каждой из цепи не соответствует данным PDB, некоторые остатки не представлены, например, с 5 по 13, каждая цепь начинается с третьего остатка в начале цепи, последовательность которой представленна в PDB
 цепь В 330  

В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:
    
IDНазваниеФормулаЧисло молекулКомментарии
 MSE 

SELENOMETHIONINE

(селенометионин)

 C5 H11 N O2 SE 24 (12 в каждой цепи) 
 SEP 

PHOSPHOSERINE

(фосфосерин)

 C3 H8 N O6 P 2 (по 1 в каждой цепи) 
 EDO 

1,2-ETHANEDIOL

(1,2-этанодиол)

 C2 H6 O2 4 (3 в цепи А и 1 в цепи В) 
 FMT 

FORMIC ACID

(муравьиная кислота)

 C H2 O2 1 (в цепи А) 
 HOH 

HOH

(вода)

 H2 O *330 
Структура моего белка с лигандами

На этом рисунке представлена структура моего белка. Он состоит из двух цепей: цепь А - зелёная, цепь В - красная. Лиганды также представлены разными цветами. Так, селенметионин является синим, фосфосерин - жёлтым, этандиол - светло-синим, а муравьиная кислота - розовым. Хотелось бы отметить, что мой белок не содержит ДНК. Молекулы воды представлены малыми белыми шариками, как видно из рисунка - они создают что-то вроде гидратной оболочки.

Скрипт RasMol
Вот так выглядит моя белковая структура в первоначальном виде
На мой взгляд - напоминает какого-то злого инопланетянина

Аппроксимируем белок цилиндром. Высоту (H) этого цилиндра обозначим в виде расстояния GLU146B.CG-ARG159A.NH2.

H=68.52 A

Основание (d) цилиндра обозначим в виде расстояния HIS175A.NE2-ILE5A.O.

d=42.30 A

Тогда объём молекулы моего белка будет вычисляться по формуле V=H*pi*(d/2)^2

V(белка) = 96242.68 (A)^3 V(клетки E.coli) = 1,57*10^12(A)^3

Чтобы подсчитать сколько молекул моего белка поместится в одной клетке Escherichia coli, поделим объём клетки последней на объём моей молекулы:

Количество молекул белка V(клетки)/V(молекулы)= 1,57*10^12(A)^3 /96242.68 = 16313044 штуки

Чтобы посчитать, сколькими молекулами будет представлен каждый белок (4400 в клетке, и каждый имеет такой же размер, как и мой), выполним следующее:

N(всего)/n(кол-во типов) = 16313044/4400 = 3707 молекул

Средняя длина волны света равна 550 nm, и тогда получается, что предел разрешения светового микроскопа равен 225 nm

Площадь видимого объекта 9*10^4(nm)^2=9*10^6(A)^2

Аппроксимируем площадь поверхности моего белка с помощью прямоугольника:

68.52*42.30 = 2898.396(A)^2

Ну а тогда количество молекул моего белка, образующих видимый объект будет равно:

9*10^6(A)^2/2898.396(A)^2 = 3105 молекул

Главная