Описание PDB файла |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Пространственная структура GLSA1_BACSUЗаголовок структуры:HYDROLASE Название структуры: CRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS SUBTILIS PROBABLE GLUTAMINASE, APC1040 В документе представлены следующие цепи макромолекул:
В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:
|
На этом рисунке представлена структура моего белка. Он состоит из двух цепей: цепь А - зелёная, цепь В - красная. Лиганды также представлены разными цветами. Так, селенметионин является синим, фосфосерин - жёлтым, этандиол - светло-синим, а муравьиная кислота - розовым. Хотелось бы отметить, что мой белок не содержит ДНК. Молекулы воды представлены малыми белыми шариками, как видно из рисунка - они создают что-то вроде гидратной оболочки.
Вот так выглядит моя белковая структура в первоначальном виде | |
На мой взгляд - напоминает какого-то злого инопланетянина |
Аппроксимируем белок цилиндром. Высоту (H) этого цилиндра обозначим в виде расстояния GLU146B.CG-ARG159A.NH2.
H=68.52 A
Основание (d) цилиндра обозначим в виде расстояния HIS175A.NE2-ILE5A.O.
d=42.30 A
Тогда объём молекулы моего белка будет вычисляться по формуле V=H*pi*(d/2)^2
V(белка) = 96242.68 (A)^3 V(клетки E.coli) = 1,57*10^12(A)^3
Чтобы подсчитать сколько молекул моего белка поместится в одной клетке Escherichia coli, поделим объём клетки последней на объём моей молекулы:
Количество молекул белка V(клетки)/V(молекулы)= 1,57*10^12(A)^3 /96242.68 = 16313044 штуки
Чтобы посчитать, сколькими молекулами будет представлен каждый белок (4400 в клетке, и каждый имеет такой же размер, как и мой), выполним следующее:
N(всего)/n(кол-во типов) = 16313044/4400 = 3707 молекул
Средняя длина волны света равна 550 nm, и тогда получается, что предел разрешения светового микроскопа равен 225 nm
Площадь видимого объекта 9*10^4(nm)^2=9*10^6(A)^2
Аппроксимируем площадь поверхности моего белка с помощью прямоугольника:
68.52*42.30 = 2898.396(A)^2
Ну а тогда количество молекул моего белка, образующих видимый объект будет равно:
9*10^6(A)^2/2898.396(A)^2 = 3105 молекул