Скопируем в рабочую директорию следующие файлы:
amilase.pdb camelid.pdb uniCHARMM
Теперь добавим водороды:
pdb2gmx -f amilase.pdb -o amilase_h.pdb -p -ignh pdb2gmx -f camelid.pdb -o camelid_h.pdb -p -ignh
С помощью утилиты mark_sur проведен препроцессинг файлов pdb!
mark_sur amilase_h.pdb amilase_h_m.pdb mark_sur camelid_h.pdb camelid_h_m.pdbНо ничего не работает :( Выдается ошибка - mark_sur: error while loading shared libraries: libg2c.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory