Построил и оптимизировал структуры нафталена и азулена, которые привожу ниже:
Видно, что с нафталеном (слева) все круто, а вот с азуленом че-то не то. Я к нему применил силовое поле UFF, и вот, что получилось. Видно, что с молекулой теперь все в порядке.
С помощью следующих команд была произведена конвертация соответствующих файлов:
babel -imopout nap_opt.out -ogamin nap_opt.inp babel -imopout azu_opt3.out -ogamin azu_opt.inp
Также у этих файлов был изменен заголовок:
$CONTRL COORD=CART UNITS=ANGS SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END $BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 $end $system mwords=2 $end $DATA
После этого был произведен запуск games:
gms nap_opt.inp 1 >& nap_opt.log gms azu_opt.inp 1 >& azu_opt.log
После этого производился расчет энергии: для каждого файла были сделаны расчеты энергии по методу Хартри-Фока и с использованием теории функционала плотности. Сначала соответствующие файлы были переформатированы в gamin, а затем к разным файлам были добавлены нужные заголовки (см на сайте заданий). После этого снова производился запуск games (аналогично первому запуску).
Результаты подсчета энергии приведены в таблице:
| Вещество | E(naptalene) | E(azulene) | Δ E , Hartree | Δ E, kCal/mol |
| Хартри-Фок | -383.3549061523 | -383,2825329193 | 0,072373233 | 45,414889010 |
| DFT | -385,6401306541 | -385,5856330822 | 0,054497572 | 34,197742405 |
Для перевода энергии было использовано то, что 1 Хартри = 627.509469 ккал/моль. Согласно экспериментальным данным энергия изомеризации нафталина в азулен составляет 35.3±2.2 kCal/mol. Из таблицы видно, что расчет по теории функционала плотности точнее, чем расчет по Хартри-Фоку.