Вычисление параметров для молекулярной механики

Задание №1

С помощью програмы babel был создан pdb файл этана из результатов оптимизации с прошлого практикума et.log.

babel et.log et.pdb

RED-vIII.4.pl

Задания №2 и №3

Был создан файл описания молекулы в формате пакета программ GOROMACS. Привожу его по ссылке - et.top. Следующая задача - промоделировать испарение этана. Были использованы два файла: файл для газа и файл для жидкой среды. задача провести короткое моделирование динамики каждой из этих систем о определить разницу в энергии VdW взаимодействий между системами. И сравнить эту разнице с энтальпией испарения этана. При Т=25 это значение равно 5.4 кДж/моль. Был создан скрипт, с помощью которого было получено 7 файлов, которые отличаются друг от друга значениями эпсилон. Привожу команды:

#!/bin/bash
for i in {1..7}; do
    ep=$( echo "scale=5; 1/$i/$i/$i"  | bc -l )
    sed "s/1.00000e-00/$ep/" et.top > v_${i}.top
done

    grompp_d -f md -c box_big -p v_${i}.top -o vb_${i} -maxwarn 1 && mdrun_d -deffnm  vb_${i} -v 
    grompp_d -f md -c box_38 -p v_${i}.top -o v_${i} -maxwarn 1 && mdrun_d -deffnm  v_${i} -v

Осталось посчитать сами значения энергий, для этого воспользовался утилитой g_energy.

    echo -e "LJ-(SR)\nCoulomb-(SR)\n0" | g_energy -f -b 10  vb_${i} -o eb_${i} > vb_${i}.txt
    echo -e "LJ-(SR)\nCoulomb-(SR)\n0" | g_energy -f -b 10  v_${i} -o e_${i} > v_${i}.txt

Задания №4

На основе полученных txt файлов установим среднее значение энергии для каждого значения epsilon водорода. Привожу результаты только уже для энтальпии (опуская соответствующие значения для энергий). Кулоновские взаимодействия вносят нулевой вклад, так как рассматриваемые молекулы не заряжены (да и значения энергий были пренебрежительно малы); расчёт произведём для взаимодействий Леннарда-Джонса.