В самом начале были даны следующие файлы:
dna.pdb
em.mdp
md.mdp
pr.mdp
Причем в файле dna.pdb были удалены 5' фосфаты из структуры дуплекса, прибавлены буквы D к названиям нкулеотидов и заменены имена атомов "C5M" на "С7"
Далее был построен файл топологии системы в силовом поле amber99sb и файл с координатами в формате Gromacs:
pdb2gmx -f dna.pdb -o dna -p dna -ff amber99sb -water tip3p
Затем сделаем небольшой отступ в ячейке от ДНК:
editconf -f dna.gro -o dna_ec -d 1.5
Теперь проведём оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты в молекуле.
grompp -f em -c dna_ec -p dna -o dna_em -maxwarn 1
mdrun -deffnm dna_em -v
Привожу начальное и конечное значение максимальной силы:
Начальная сила:
F-max = 4.810e+03 (atom 12)
Конечная сила:
F-max = 1.323e+03 (atom 304)
Добавим в ячейку молекулы воды.
genbox -cp dna_em -p dna -cs -o dna_s
Нейтрализуем заряд системы. Это делаем в два шага: строим tpr и запускаем genion.
grompp -f em -p dna -c dna_s -o dna_s
genion -s dna_s -o dna_si -p dna -np 10
В последнем выражении 10 - это количество положительных ионов необходимых для нейтрализации заряда системы. Теперь проведём "утряску" воды:
grompp -f pr -c dna_si -p dna -o dna_pr -maxwarn 1
mdrun -deffnm dna_pr -v
Переформатируем dna_pr.gro и dna_si.gro в pdb формат (с помощью команды ediconf):
editconf -f dna_pr.gro -o dna_pr.pdb
editconf -f dna_si.gro -o dna_si.pdb
Получились файлы dna_pr.pdb и dna_si.pdb. На мой взгляд после утряски молекулы воды
стали куда более хаотичнее, чем раньше.
Теперь возимся с суперкомпьютером!
scp -r ./fransilvion/ skif:_scratch/fbb/fransilvion
ssh skif
cd _scratch/fbb/fransilvion
cp /home/users/golovin/progs/share/gromacs/top/residuetypes.dat .
cp -r /home/users/golovin/progs/share/gromacs/top/amber99sb.ff/ .
grompp -f md -c dna_pr -p dna -o dna_md -maxwarn 1
sbatch -n 4 -e error.log -o output.log -t 5 -p test impi /mnt/msu/users/fbbstudent/gmx-4.6.7-intel-impi-mkl-single/bin/mdrun_mpi -deffnm dna_md -v
Номер моей задачи - 1045005. Ждемсь...
Все файлы лежат тут.