"Программы пакета BLAST"

№1 Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на заданный

№2 Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTN

Провёл поиск последовательности в банке "EMBL standard prokaryote" на сайте EBI. Последовательность присутствует полностью в трёх записях с AC AP006878, AB018432, AB001080. Координаты для AP006878 соответствующие: 584815 - 584636. Запись комплементарна нашей последовательности (обратна по направлению).

Участок FT, соответствующий этим координатам:

Locus TK0678, продукт - chaperonin, alpha subunit. Направление обратное.

№3 Поиск гомологов гена программой BLASTN

С помощью программы blastn было найдено одно выравнивание, evalue которого было ниже, чем для соответствующего из tblastn. Процент идентичности составил около 80 процентов. Следовательно, мы можем заключить, что выравнивание по аминокислотной последовательности гораздо лучше. Возможно, это следствие того, что выравнивание по нуклеотидным основаниям достаточно строгое, гораздо строже, чем то же самое по аминокислотам. Ведь выравнивание по аминокислотам включает в себя также информацию о функциональной взаимозаменяемости аминокислот. Это не может не повлиять на итог выравнивания. Длины находок значительно отличаются друг от друга у tblastn и blastn (906 и 89 соответственно).